La diocesi del Chiapas (o di Ciudad Real del Chiapas) fu eretta il 19 marzo 1539 con la bolla Inter multiplices di papa Paolo III, ricavandone il territorio dalla diocesi di Antequera (oggi arcidiocesi). Originariamente era suffraganea dell'arcidiocesi di Siviglia.

Il 12 febbraio 1546 entrò a far parte della provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di Città del Messico.

Dopo che vi si stabilirono i primi spagnoli nel 1541 i vescovi del Chiapas esercitarono per vicinanza la loro giurisdizione sullo Yucatán, fino all'erezione della diocesi di Yucatán (oggi arcidiocesi) il 19 novembre 1561.[1]

Il 16 dicembre 1743 divenne suffraganea dell'arcidiocesi di Santiago di Guatemala, ma con la bolla Dominico gregi di papa Gregorio XVI il 25 aprile 1837 fu restituita alla giurisdizione metropolitica dell'arcidiocesi di Città del Messico. Il 23 giugno 1891 entrò a far parte della provincia ecclesiastica dell'arcidiocesi di Antequera.

Il 19 giugno 1957 ha ceduto una porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di Tapachula.

Il 27 ottobre 1964 ha ceduto una porzione del suo territorio a vantaggio dell'erezione della diocesi di Tuxtla Gutiérrez (oggi arcidiocesi) e contestualmente ha assunto il nome attuale.

Il 25 novembre 2006 è entrata a far parte della provincia ecclesiastica del Chiapas, suffraganea dell'arcidiocesi di Tuxtla Gutiérrez.

Il 15 febbraio 2016 la diocesi ha ricevuto la visita pastorale di papa Francesco.