Quando l'America Centrale raggiunse l'indipendenza dal Messico nel 1823, la parte occidentale del Chiapas venne annessa ad esso. La maggior parte del Chiapas odierno venne inglobato in seguito alla disgregazione della Repubblica Federale del Centro America nel 1842 e il resto venne preso al Guatemala all'inizio degli anni 1880 dal presidente Porfirio Díaz.

Il Chiapas rimase uno degli stati messicani meno affetti dai cambiamenti. I discendenti degli spagnoli continuavano a esercitare il loro dominio sui nativi Indios.

Nel 1868 vi fu una ribellione indigena, guidata dal popolo tzotzil. Riuscirono quasi a conquistare San Cristóbal de Las Casas, poi la capitale Tuxtla Gutiérrez, prima di essere sconfitti dall'esercito messicano.

Gli indigeni soffrono ancora una situazione di terribile oppressione da parte dei discendenti degli spagnoli. Sono estremamente poveri e gran parte di essi non ha accesso all'acqua potabile. Le loro terre hanno subìto numerose confische ordinate dal governo centrale ed eseguite con l'ausilio dell'esercito.

La vita media degli uomini è di 60 anni, mentre quella delle donne è di appena 50 anni, un livello assai basso sul quale influiscono non solo le fatiche dei lavori nei campi e nel pascolo, ma anche le pessime condizioni igieniche e le morti per complicanze del parto.

L'analfabetismo è estremamente diffuso. Gli indigeni che vivono nei centri urbani subiscono il razzismo dei meticci; difficilmente riescono a trovare lavori dignitosi e spesso vengono loro negati servizi fondamentali, per esempio sanitari. Il governo non riconosce né rispetta la loro cultura e le loro tradizioni, che ad esempio non vengono studiate in alcuna scuola riconosciuta dallo Stato.

Tutto ciò portò, nel novembre del 1983, alla formazione dell'Esercito Zapatista di Liberazione Nazionale (EZLN) e al levantamiento, l'insurrezione, che ebbe luogo il 1º gennaio del 1994. Era il giorno in cui entrava in vigore il North American Free Trade Agreement: in coincidenza con quell'avvenimento, l'EZLN attuò l'occupazione di sette comuni del Chiapas. Fu un'occupazione simbolica, che durò una sola notte, e per la gran parte dei casi fu realizzata disarmando l'esercito senza sparare un colpo. Ma in alcuni centri abitati questo non fu possibile, a causa dell'opposizione attuata dalle truppe, ed ebbero luogo aspri combattimenti. Tra i centri assediati figura San Cristóbal de Las Casas, dove il Subcomandante Marcos lesse la prima dichiarazione della Selva Lacandona, attraverso la quale i nuovi zapatisti reclamarono i loro diritti. Si ritirarono il giorno dopo, ma la loro vittoria fu politica, non militare. L'azione ebbe risonanza mondiale. Gli insorti si assicurarono così quella solidarietà e quella visibilità internazionale che permisero loro di evitare la ritorsione del governo e quindi di essere massacrati dall'esercito regolare, con il quale non potevano competere militarmente.

Vi furono altre tappe fondamentali nella lotta zapatista: la nascita degli Aguascalientes (amministrazioni territoriali indigene), che poi divennero Caracoles, e la "Marcia per la dignità dei popoli" nel 2001, alla quale parteciparono movimenti da ogni parte del mondo e che arrivò fino al governo centrale del Messico, nella capitale.