La costruzione cominciò all'incirca nell'800 d.C., si suppone in un periodo tra il 750 e l'830 e venne commissionata dalla dinastia regnante in quel momento, i Sailendra[1], all'apice del loro splendore e potere. Non si sa con precisione se la costruzione iniziò ad opera di sovrani induisti o buddhisti

La scelta del luogo fu attentamente studiata, in quanto la piana in cui si erge ricordava contemporaneamente diversi luoghi sacri per la popolazione, infatti poco lontano dal tempio si può trovare una confluenza di due fiumi che ricorda quella dei fiumi Gange e Yumna considerata sacra in molte culture; inoltre sullo sfondo del paesaggio si può notare una catena montuosa che ha alcuni tratti concordanti con il profilo dell'Himalaya, la catena montuosa sacra anch'essa per molte culture.

L'architetto che la progettò fu Gunadharma, il quale venne assistito da alcuni monaci particolarmente saggi in ogni genere di disciplina provenienti da tutte le parti del mondo, il monumento risente infatti di influenze indiane, persiane e anche babilonesi[senza fonte]; richiese la manodopera di più di 10.000 persone per circa 75 anni e finì poco prima della fine della dinastia ad opera di Mataram.

 

 

 

 

Dopo la fine dei Sailendra, la nuova dinastia mantenne questa costruzione e ne edificò altre simili nei paraggi (i famosi templi di Prambanan). L'attività di questo tempio durò poco perché una serie di cataclismi naturali costrinse i residenti ad abbandonare la zona, in seguito ad una eruzione vulcanica (si suppone poco dopo l'anno mille) il tempio venne completamente sommerso dai detriti, in seguito su questi detriti crebbe una vegetazione[2].

Nei secoli successivi iniziò un processo di conversione e nel XV secolo la popolazione era in maggior parte di culto islamico[3] e quindi nessuno più era interessato a questo colossale luogo di culto al punto che se ne perse anche la memoria e rimase solo nelle tradizioni popolari.

Dopo la guerra tra olandesi e inglesi per il possesso dell'isola, dal 1811 al 1816 l'isola si trovò sotto il controllo inglese espresso in questo periodo dal governatore Thomas Stamford Raffles, questi era un grande appassionato di archeologia e di storia locale, era anche un collezionista di reperti e a lui si deve la scoperta di molti monumenti.

Fu proprio lui che messo al corrente della leggenda del tempio-montagna decise di intraprendere una ricerca, che sventuratamente non portò risultati, si decise quindi a ingaggiare H.C. Cornellius un ricercatore olandese per il ritrovamento e gli mise a disposizione 200 uomini.

Cornellius e i suoi 200 uomini impiegarono due mesi di intensi lavori (scavi e deforestamento) ma alla fine trovarono ciò che cercavano nei pressi del villaggio di Bumisegoro e cominciarono a lavorare per riportare tutto alla luce, i lavori finirono verso la metà del secolo.