Bahariya era già abitata fin dal Paleolitico.

Durante il Medio Regno, l'oasi fu un centro commerciale e culturale. Bahariya è una delle più vaste necropoli dell'antico Egitto, che risale alla dinastia tolemaica (305 a.C.-35 a.C.) e alla occupazione romana. Nel 1999 sono state ufficialmente presentate le nuove scoperte effettuate nella Valle delle mummie d'oro che sono state considerate le "maggiori e più recenti scoperte archeologiche dei nostri giorni"[1].

Il direttore degli scavi, il dott. Zahi Hawass ha scoperto in questa località più di 10.000 mummie del I e II secolo d. C.; questi reperti sono tuttora in corso di valorizzazione. Alcune delle mummie d'oro sono state collocate in un piccolo museo. Degne di nota sono anche le tombe precristiane di Zed Amun Ef Ankh e di suo figlio Banentiu, che si trovano in un tumulo non lontano dal centro dell'oasi. I colori delle immagini e dei geroglifici si sono mantenuti particolarmente bene e non hanno nulla da invidiare a quelli delle tombe della Valle dei Re. Tra gli aspetti positivi della scoperta, l'integrità del sito, non saccheggiato e trafugato da sciacalli, e l'appartenenza delle mummie a tutti gli strati sociali[1].

All'interno dell'oasi di Bahariya vi sono anche i resti di un tempio dedicato ad Alessandro Magno, precisamente a Qaṣr al-Miqisba (ʿAyn al-Tibniyya). All'esterno, sull'architrave sono stati scolpiti sei cartigli con il suo nome in geroglifico e sei scene in cui Alessandro Magno incontra alcune divinità egizie.[2] Alcuni egittologi ritengono che il condottiero macedone sia passato per Bahariya sulla via del ritorno dalla sua visita all'oracolo di Amon a Siwa.

La località, ai tempi dell'epoca greco-romana era nota per la produzione di vino e come magazzino dell'impero ed ebbe un accrescimento demografico in età ellenistica. Sia i greci sia i romani restarono affascinati dalle pratiche religiose e dai riti funebri egizi e li adottarono. Difatti, le iscrizioni incise attestano che le tombe non erano solo di provenienza egizia, ma anche greca, nubiana e persino romana.[1]

In quell'epoca i riti funebri subirono una profonda trasformazione, confermati dalle testimonianze dei reperti rintracciati nel sito. Era entrata in disuso l'abitudine di estrarre dal corpo le viscere conservandole poi nei vasi canopi e anche i sarcofagi si fecero più rari. Le mummie venivano coperte con una maschera, in cartonnage, che nascondeva la testa e il petto del defunto, e anche le rappresentazioni delle divinità si diversificarono notevolmente rispetto alle ere precedenti ed appare l'innovativa raffigurazione dell'anima del defunto.

Nel Medioevo il "Paese delle Oasi", aml Wah (ricordato da numerosi storici: Yāqūt, al-Bakrī, Edrisi...), che comprendeva, oltre a Bahariya anche Dakhla, Kharga e Farafra, era governato da una dinastia berbera della tribù dei Lawata. Ancora nel 1936, Francesco Beguinot, alla voce «Siwa» dell'Enciclopedia Italiana (vol. XXXI, p. 932) riportava come berberofona la località di Manshiyat al-ʿAgūza nell'oasi di Bahariya. Oggi comunque l'oasi è interamente arabofona.