Նավահանգիստը հին է, ինչպես Համբուրգի պատմությունը։ Հիմնադրվել է 1189 թվականի մայիսի 7-ին Ֆրիդրիխ I-ի կողմից։ Իր ռազմավարական դիրքի համար այն դարեր շարունակ եղել է Կենտրոնական Եվրոպայի հիմնական նավահանգիստը և Համբուրգ քաղաքը զարգացրել է որպես առաջատար քաղաք` հարուստ և հպարտ բուրժուազիայով։

13-րդ դարից 16-րդ դարերում Հանսիթիկ լիգայի ժամանակաշրջանում Համբուրգը համարվում էր երկրորդը՝ որպես ծովային առևտրի կենտրոնական առևտրային հանգույց։ Ամերիկաների հայտնաբերման և առաջացող տրանսատլանտյան առևտրի հետ մեկտեղ Համբուրգը գերազանցել է բոլոր մյուս գերմանական նավահանգիստներին։ 19-րդ դարի երկրորդ կեսին Համբուրգը դարձել է Կենտրոնական Եվրոպայի հիմնական հանգույց տրանսատլանտյան ուղևորների և բեռնափոխադրումների համար, իսկ 1871 թվականից դարձել է Գերմանիայի հիմնական առևտրային նավահանգիստը։ Իր ժամանակահատվածում Hamburg America Line-ը աշխարհի խոշորագույն առաքման ընկերությունն էր։ 1888 թվականից սկսած HADAG-ը գործարկում է նախատեսված լաստանավային ծառայություն Էլբայի և նավահանգստի տարբեր մասերում։ 1888 թվականի հոկտեմբերի 15-ին ստեղծված Ազատ նավահանգիստը հնարավորություն է տվել առևտրականներին ապրանքներն առաքել և պահել առանց մաքսային զննության և հետագայում ամրապնդել Համբուրգի դիրքերը հարևան երկրների հետ ծովային առևտրում։

Շպայխերշտադտը՝ Համբուրգի ճարտարապետական իկոններից մեկը, որը կառուցվել է 1880-ական թվականներին որպես անվճար նավահանգստի մաս՝ հաղթահարելու նավահանգստում պահվող ապրանքների աճող քանակությունը, այսօր հանդիսանում է գետի հյուսիսային ափին կառուցված 350000 մ 2 տարածքով նավակայան։

Համբուրգի նավահանգիստները երկու անգամ կորցրել են նավատորները Առաջին և Երկրորդ համաշխարհային պատերազմներից հետո և 1945 և 1990 թվականներին Գերմանիայի բաժանման ժամանակ։ Սակայն Գերմանիայի վերամիավորումից, երկաթե վարագույրի անկումից և եվրոպական ընդլայնումից հետո Համբուրգը դարձել է Եվրոպայի գլխավոր լոգիստիկ կենտրոններից մեկը որպես աշխարհի խոշորագույն և զբաղված ծովային նավահանգիստներից մեկը։