Ծղալտուբոյի մասին առաջին հիշատակությունները պատկանում են VII դարին։ XII-XIII դարերում այն հիշատակվում էր որպես առողջարարական բնակավայր։ «Բեռլինի բնության համայնքում» հիշատակվել է 1782 թվականին։ 1787 թվականին ռուսազգի ակադեմիկոս Սիմոն Պալլասը գերմաներեն լեզվով մշակել և հրապարակել է Ծղալտուբոյի մասին Ի. Գյուլդենշտեյնի «Ճանապարհային գրառումները»։

1920 թվականին աղբյուրները անցնում են պետության վերահսկողության տակ և ստանում հանքաջրաբուժական հանգստավայրի գործառույթները։ Հանգստավայրի զարգացումը սկսվել է 1926 թվականին։ 1931 թվականին այնտեղ է այցելել Խորհրդային Միության կոմունիստական կուսակցության կենտրոնական կոմիտեի գլխավոր քարտուղար Իոսիֆ Ստալինը ոտքերի հիվանդությունները բուժելու համար[1]։ 1931-32 թվականներին Ծղալտուբոյում անցկացվել են լայնամասշտաբ գիտա-հետազոտական և հիդրոերկրաբանական ուսումնասիրություններ։