ציור קיר בכנסיית הדורמיציון. תמר (משמאל) גיאורגי השלישי (מימין), מחזיקים בדגם של כנסיית הדורמציון. זהו הדיוקן המוקדם ביותר הידוע של תמר ציור קיר בכנסיית הדורמיציון. 1184–1186 לערך ורדזיה בשנת 1969, מזגין Soviet Life (אנ')

חפירות מהתקופה הסובייטית הראו כי אזור ורדזיה היה מיושב בתקופת הברונזה על ידי התרבות התריאלתית (אנ'). ערי מערות חצובות בסלע כמו אופליסציחה (אנ') מוכרים לאורך נהר הקורה לפחות מהמאה החמישית לפני הספירה, ואילו אדריכלות חצובה בסלע (אנ') בהקשר לנצרות הגאורגית ידועה מזדאזני והמתחם המנזרי דַּווִיתְגָּרֵגִּ'י (אנ') מהמאה השישית לספירה, וכן באזור ורדזיה במערות ואני, צ'וֹלְתָּהּ[1] ומַארְגַּסְטְנִי (כיום תְּמוֹגֶוִוי (אנ')) מהמאה השמינית.

בוורדזיה זוהו ארבע תקופות של שלבי בנייה נפרדים: התקופה הראשונה הייתה בתקופת שלטונו של גיאורגי השלישי (1156–1184), כאשר האתר תוכנן ונחפרו בתי המגורים הראשונים; התקופה השנייה הייתה בין מותו של גיאורגי לנישואיה של בתו יורשתו תמר בשנת 1186, כאשר כנסיית הדורמיציון נחצבה בסלע ועוטרה; התקופה השלישית הייתה מאותו מועד ועד לקרב בסיאן בשנת 1203, במהלכו הוקמו בתי מערה רבים נוספים וחוזקו ההגנות, אספקת המים ורשת תעלות ההשקיה; ואילו התקופה הרביעית הייתה תקופה של בנייה מחדש חלקית לאחר נזק כבד ברעידת האדמה בסאמצחה בשנת 1283. כמעט שני שלישים מהאתר נחרב, וחלק מהמערות נחשפו כלפי חוץ. מערכת ההשקיה קרסה אף היא. השחזור החלקי של המנזר לאחר אסון הטבע אירע בתקופת שלטונו של האטאבג בֶּכָּה גַּ'קֶּלִי-צִיחִיסְגְּ'ווָרֵלִי (גאו')‏ (בֶּכָּה הראשון, 1285-1306).

המנזר המלכותי מילא תפקיד מרכזי בחיים הפוליטיים והתרבותיים של הממלכה הגאורגית. ראש מנזר הדורמציון פיקח על פעילויות המנזרים בכנסיות ומילא תפקיד בולט בחיים הפוליטיים של הממלכה. מתעד ימיה של המלכה תמר מספר את סיפורה של ורדזיה בפירוט ובצורה אומנותית. בניית המנזר המלכותי הגדול ביותר קשור לאופי פעילותה של המלכה תמר בתחום הבנייה הכנסייתית-נזירית. בחירת המיקום נבעה ממאפייני הבנייה הטובים ביותר של הסלע, מיקום נוח, משק בית, צבאי, וגם נוכחות של מי שתייה באתר. מספר מקורות תיעודיים משלימים את הידע שמקורו במרקם הפיזי של האתר. באוסף הרשומות הגאורגיות שנקראות חיי כארתלי מצוין כי תמר הקימה כנסייה כדי לשכן בה את האייקון של הבתולה מוורדזיה[2] לאחר שקיבלה עזרה אלוהית במערכות הצבאיות שלה, לפני שהעבירה את המנזר מוורדזיה עילית. את מסעה כנגד השכנים המוסלמים החל בוורדזיה, וניצחונה המוחץ בקרב בסיאן נחגג בשיר הלל - "מזמור לכבוד הבתולה מוורדזיה" שנכתב על ידי יואנה שוותלי. מספריית ורדזיה שרד כתב-היד המאויר של הבשורות של ורדזיה. ברשומות הגאורגיות מסופר גם כיצד ורדזיה ברחה מהפולשים המונגולים בשנות ה-90 של המאה שלוש עשרה. על פי דברי ימי גאורגיה, המנזר הזה הכיל כמות גדולה של חפצי ערך החל מחפצי ערך מכסף, זהב ואבנים יקרות, דבר המעיד על שגשוגה הכלכלי. הבנייה במקום נמשכה גם לאחר מותה של תמר. מגדל הפעמון ופורטל הכנסייה הדרומי נבנו בסוף המאה ה-13 - תחילת המאה ה-14. על פי הכיתוב מעל הפורטל, חדר האוכל הוקם בתקופת שלטונו של האטאבג איוואן (אנ'), במחצית הראשונה של המאה ה-15. מערות מסוימות מקומפלקס אָנָאנוּרִי (אנ') נבנו אף הן במאות 15–16.

בתקופת התפוררותה של ממלכת גאורגיה, בשנת 1551 פשט על המנזר הצבא הפרסי-ספווי בראשות השאה שאה תהמאספ הראשון, במסעו השלישי לגאורגיה. הוא נתקל בהתנגדות של צבא גאורגי בראשות לוּאַרְסַבּ הראשון (אנ'), שהתבצר במקום. הגאורגים נוצחו והשאה בזז את ורדזיה, את כל הצלמיות החשובות (כולל צלמית הבתולה מוורדזיה) דלתות הזהב והפלדה ואוצרות תרבות רבים, ושם קץ לחיי המנזר בפועל. מחבר הרשומות הפרסי-ספווי (ההיסטוריון של השושלת הספווית) חסן בג רומלו (אנ') מתאר את ורדזיה כ"פֶּלֶא", "בלתי חדיר כחומה של אלכסנדר הגדול", לפני שתיאר את ביזתו על ידי הפרסים. תיאור האירועים מופיע גם בכתביו של ההיסטוריון פַּרְסָדָן גּוֹרְגִיגָ'נִידְזֶה (אנ') שהיה משרת גאורגי בשירות הספווים. הערה כמעט נבואית מופיעה בבשורות של ורדזיה המספר על חזרה מבזאר פרסי.

בשנת 1758 נכבשה סאמצחה וורדזיה בתוכה על ידי העות'מאנים והחל תהליך של התאסלמות באזור באמצחה שנמשך כ-250 שנה. לאחר הגעתם של העות'מאנים, עזבו הנזירים והאתר ננטש. חלק מחפצי הערך הועברו לכפר ורדזיה (אנ') שבאימרתי, שם הם ככל הנראה שימשו לבניית כנסייה ומגדל הפעמון. בשנת 1828 כבש צבא האימפריה הרוסית בראשות איוואן פסקביץ' את סאמצחה ואת כל דרום גאורגיה וסיפח אותה לאימפריה הרוסית. בין השנים 1857–1928 היה בוורדזיה מנזר לגברים.

לאחר החלת השלטון הסובייטי בגאורגיה החל מחקר מדעי על מתחם מנזר זה. בשנת 1938 הוכרז האתר כשמורת מוזיאונים. חפירות ארכאולוגיות בוצעו בוורדזיה בשנים 1970–1971, נחקרו שלוש שכבות של תרבויות: ימי הביניים המוקדמים, המאה השתים עשרה והמאות השלוש עשרה והארבע עשרה. נמצאו מגוון דוגמאות של כלי חרס, כלי מלאכה להתכות מתכות, כלי עבודה, כלי בית שונים ועוד.