בקיץ 1629 פשטה מגפה בעיר ונציה. המגפה נמשכה במשך כשנתיים, ונפטרו בעטייה כשליש מאוכלוסיית העיר. תהלוכות דתיות ותפילות המוניות שנערכו בכנסיית סן רוקו וכנסיית סן לורנצו גוסטיניאני לא עצרו את המגפה. בניסיון לעצור את המגפה, על פי אמונת הוונציאניאנים, הוחלט להקים כנסייה. דבר זה בוצע בעבר, כאשר בניסיון לעצור מגפה תכנן אנדראה פאלאדיו את כנסיית איל רדנטורה המוקדשת לישו הנוצרי. ב-22 באוקטובר 1630 הכריז הסנט של ונציה על הקמת כנסייה המוקדשת למרים הבתולה, שנחשבה למגינה של הרפובליקה של ונציה. עוד נקבע בהחלטה שהסנאט של העיר יבקר בכנסייה מדי שנה בתהלוכה לכבוד מרים - תהלוכה שתיקרא "חג המדונה של ההצלה" (Festa della Madonna della Salute) - התהלוכה תצא מכיכר סן מרקו דרך רובע סן מרקו אל רובע דורסודורו (בו נמצאת הכנסייה), כאשר עוברים דרך גשר סירות מיוחד שמוקם בין הרבעים מעל התעלה הגדולה לצורך התהלוכה.

מיקום הכנסייה נבחר מבין שמונה מקומות אפשריים. השטח שנבחר ניצב למול כיכר סן מרקו (דבר המקל על בניית גשר הסירות). השטח, שהיה בבעלות הפטריארך הקתולי - נציג הוותיקן ברפובליקת ונציה הועבר לבעלות העיר, והריסת הבתים במקום החלה בשנת 1631.

אחד עשר הצעות הוגשו לתחרות האדריכלות לצורך הקמת הכנסייה, מתוכן נבחרו שתי הצעות לשלב הגמר: תוכניתו של האדריכל באלדאסארה לונגנה ותוכניתם של האדריכלים אנטוניו סמראלדי (המכונה "איל פרנקו") וסאמבטיסטי רוברטיני. תוכניתו של לונגנה נבחרה בשלב הגמר. תוכניתו של לונגנה הייתה ייחודית מבין התוכניות שהוגשו. יתר התוכניות תיארו כנסיות בסגנון פאלאדיאני, אולם באלדאסרה לונגנה כתב בתוכניתו:

תוכניתו של לונגנה הצעיר (שהיה בן 26 בעת הגשת התוכנית), הוגשה לסנאט הוונציאני בו הצביעו 66 סנטורים בעד התוכנית, 29 נגדה (בשל העדפת הסגנון הפאלאדיאני) ו-2 נמנעים.

בניית הכנסייה הושלמה בשנת 1681 (זמן קצר לפני פטירתו של לונגנה).