בברית החדשה עצמה לא מוזכרת מערה כמקום לידתו של ישו, אלא אבוס בלבד. מערת המולד של ישו בבית לחם נזכרת לראשונה בכתובים על ידי אוריגנס במחצית המאה ה-3 לספירה. גם אוזביוס מקיסריה מזכיר את המערה בחיבורו "חיי קונסטנטינוס" ואת הכנסייה בחיבורו "אונומסטיקון". מסורות נוצריות המשתקפות בכתביו של הירונימוס טוענות כי המקום שימש כמקום פולחן לאלים יופיטר, ונוס ואדוניס[1]. מסורות מסוג זה מופיעות גם סביב בנייתה של כנסיית הקבר.

הכנסייה הראשונה הוקמה במקום בעקבות ועידת ניקיאה, על ידי בישוף העיר ירושלים מקאריוס (Makarios of Jerusalem), בשנת 325, ובהנחיית הלנה, אמו של הקיסר הרומאי קונסטנטינוס. המבנה המקורי נהרס בשנת 539 במהלך מרד השומרונים, והוקם מחדש כמה שנים מאוחר יותר בהוראת הקיסר יוסטיניאנוס.

הפלישה הפרסית לארץ ישראל בשנת 614 לא פגעה במבנה הכנסייה. באיגרת[2] אשר נשלחה מירושלים בשנת 836 לקיסר תיאופילוס, מתוארת עמידתה של הכנסייה בפני הרס הכובשים הפרסים:

בתקופת השלטון העות'מאני השליטה על כנסיית המולד, כמו גם על מקומות קדושים אחרים בארץ ישראל, היוותה מקור לחיכוך מתמיד בין הכנסיות השונות, ובייחוד בין הכנסייה הקתולית שזכתה לתמיכה של מדינות מערב אירופה ובראשן צרפת, והכנסייה היוונית-אורתודוקסית שזכתה לתמיכת רוסיה. השלטון העות'מאני נדרש שוב ושוב להתערב בנושא[4].

ב-1672 התכנס במקום סינוד ירושלים בראשות פטריארך ירושלים דוסיתאוס השני שקבע עיקרי אמונה של הכנסייה היוונית-אורתודוקסית.

ב-1757 העביר הסולטאן מוסטפא השלישי את החזקה בכנסיית המולד מידי הקתולים ליוונים-אורתודוקסים, והתיר לקתולים רק להתפלל במקום.

ב-1847 נגנב כוכב הכסף שהוצב על ידי צליינים קתולים במאה ה-18 במערת המולד ובו נכתב בלטינית "כאן נולד ישוע הנוצרי לבתולה מרים". התקרית גרמה לחילופי האשמות בין הקתולים ליוונים-אורתודוקסים, שהתפתחו לכדי מחלוקת מחודשת על השליטה בכנסייה ובשאר המקומות הקדושים לנוצרים בארץ שסיבכה את השלטונות העות'מאנים בהבטחות סותרות לצרפתים ולרוסים.

בפברואר 1852 הם העניקו לצרפתים את הצהרת הסטטוס קוו שקבעה שהמצב יוחזר לזה ששרר לפני 1757, ולקראת חג המולד באותה שנה תרם הסולטאן כוכב כסף מחודש שהוצב במקום על ידי הפטריארך הלטיני. מורת הרוח של הרוסים מהתנהגות השלטון העות'מאני בסוגיה הייתה אחת העילות לפרוץ מלחמת קרים ב-1853.

השליטה בכנסייה כיום ממשיכה את החזקה שקיבלו העדות הדתיות השונות בפירמאנים שונים של השלטון העות'מאני והיא מחולקת בין הכנסייה הקתולית, הכנסייה היוונית-אורתודוקסית והכנסייה הארמנית. הבזיליקה במרכז הכנסייה נמצאת בשליטת הכנסייה היוונית אורתודוקסית. לכנסייה צמודה מצפון כנסיית קתרינה הקדושה הנמצאת בחזקת משמורת ארץ הקודש הפרנציסקנית. בשנת 1977 התקיים בכנסייה ניסיון פיגוע, כאשר בסמוך לכנסייה התפוצץ מטען חבלה, אך לא היו נפגעים[5]

באפריל 2002, במהלך האינתיפדה השנייה, התבצרו בכנסייה 50 פלסטינים חמושים ברובי סער ובמטעני חבלה. הקבוצה, שבראשה עמד הקולונל עבדאללה דאוד[6], ראש המודיעין הפלסטיני בבית לחם, לקחה כבני ערובה את 46 הכמרים ששהו בכנסייה וכמאתיים אזרחים נוספים, בהם נערים וילדים. בשל חשיבותו הדתית של המבנה כוחות צה"ל לא פרצו אליו, אולם מנעו הכנסת מזון. המצור נמשך 39 ימים, במהלכו הציתו החוטפים חלקים מקודשים במתחם הכנסייה. בנוסף, לפי עדות כמרים שהוחזקו במקום, החוטפים גנבו איקונות ומנורות יקרי ערך והשתמשו בדפים של ספרי קודש של הכנסייה כבנייר טואלט[7]. באותם ימים גם ניסו רבים מבני הערובה להימלט מהמבנה. חלק מהחמושים נורו על ידי צלפים של צה"ל.

ב-9 במאי, לאחר משא ומתן ממושך, הוסכם כי המבוקשים החמושים יועברו לקפריסין או לעזה בתמורה לשחרור בני הערובה. החמושים השאירו בכנסייה 40 מטעני חבלה פעילים. לבקשת הכמורה בכנסייה, צה"ל איתר ופירק את כל המטענים[7].

ב-2012 הוכרזה הכנסייה כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו, האתר הראשון בתחומי הרשות הפלסטינית, והוכללה ברשימת האתרים בסיכון בשל נזקים הנגרמים מדליפות מים. בשנת 2017 עברה הכנסייה שיפוץ, יותר מ-500 שנה לאחר השיפוץ שקדם לו. במהלך השיפוץ התגלה, מתחת לשכבות טיח, פסיפס ובו דמות של מלאך מרחף[8]. ב-2019 היא הוסרה מרשימת האתרים בסיכון בעקבות עבודות שימור שנעשו בשנים מאז ההכרזה הראשונית[9].

^ ראו: לימור, אורה, מסעות ארץ הקודש, ירושלים: יד יצחק בן צבי, ירושלים, 1998, עמ' 95, הערה 240 ^ Cyril Mango, The Art of the Byzantine Empire 312-1453, University of Toronto Press, 1986, p. 114 ^ הכוונה היא לאימפריה הביזנטית ^ ג'יימס פין, עתות סופה (תרגום: אהרן אמיר), יד יצחק בן צבי, תש"ם, פרק ראשון ^ מיטען התפוצץ ליד כנסיית המולד, מעריב, 25 בדצמבר 1977 ^ ynet, אחרון "מתבצרי כנסיית המולד" יצא מקפריסין, באתר ynet, 26 בנובמבר 2002. ^ 1 2 דורי גולד, המערכה על ירושלים, הוצאת ידיעות אחרונות-ספרי חמד, 2008, עמ' 33 ^   ניר חסון, מתחת לשכבות הטיח והלכלוך נחשפו כמה מסודותיה הכמוסים של כנסיית המולד, באתר הארץ, 30 ביוני 2017 ^ שגיאת ציטוט: תג <ref> לא תקין; לא נכתב טקסט עבור הערות השוליים בשם הסרה