המינרט של המסגד הגדול, שקרס בעת תפילת יום השישי ב-19 בפברואר 2010. מבט מגג מדרסת בו ענאניה

ייסודה של מקנס מיוחס לשבט המקנסה הברברי שהעניק לה את שמה. בני השבט הגיעו ממזרח והקימו במקום יישוב כפרי לא מבוצר במאה ה-10. ייסודה של העיר ממש מתוארך לשנת 1063, עת שושלת אלמורביד (المرابطون, Almoravides) הקימה מעוז צבאי לא מבוצר במקנס, אשר שימש כמקום לאחסון מזון וכלי נשק[1]. בתחילה נקראה העיר בשם "טגרארט" (Tagrart), דהיינו "קסרקטין", וסביבו קמו שווקים שעסקו בסחר במוצרי מתכת, כלי נשק ומוצרי עץ. העיר בוצרה לקראת סוף תקופת שושלת אלמורביד בתחילת המאה ה-12. שושלת אל-מוואחידון (الموحدون, Almohades) השתלטה על מקנס ב-1150, ושליטיה הרחיבו את העיר והקימו מערכת שהובילה אליה מים וארבעה בתי מרחץ. שליטיה הבאים של העיר היו בני שושלת מריניון (مرينيون, Mérinides) שהשתלטו עליה ב-1244. בתקופתם המשיכה העיר להתפתח ובלעה את הפרברים שקמו סביבה. בתקופה זו גדלה אוכלוסיית העיר כתוצאה מהגירה של מוסלמים ויהודים אשר נמלטו מפני הרקונקיסטה בספרד, ונוסדה הקהילה היהודית בעיר. בעיר נבנו קסבה (מצודה), וב-1350 נוסדה בה המדרסה הראשונה והידועה מבין שלוש - "מדרסת בו ענאניה" (المدرسة البوعنانية, Médersa Bou Inania).

תקופת הזוהר של מקנס החלה במאה ה-15, כאשר אסמאעיל מלך מרוקו עשה אותה לבירת מרוקו ב-1672. בתקופה זו שנמשכה עד מותו ב-1727 הוקמו בעיר רוב מבניה המונומנטאליים והעיר הקיסרית ובה הארמון המלכותי נוסדו מדרום לרובע המדינה. רובע חדש זה נבנה בסגנון ספרדי-מורי, והוקמו בו אורוות, מאגרי מים, מזרקות ומבנים נוספים. אסמאעיל הקיף את העיר בחומות באורך של 40 ק"מ וקבע בהן כעשרים שערים מפוארים. עם מותו של אסמאעיל ירדה העיר מגדולתה, ומאוחר יותר הועברה הבירה אל מרקש. רעידת האדמה שהחריבה את ליסבון ב-1755 פגעה גם במקנס, ואוצרותיה, כולל עיטורי מבנים, נלקחו ממנה ונקבעו בערים אחרות. ב-1912 קבעו הצרפתים את מפקדתם הצבאית במרוקו. רק בעשורים האחרונים[דרושה הבהרה], ולאור הפוטנציאל התיירותי הגלום באתרי העיר, החלו נערכות בה עבודות שיפוץ מקיפות במבניה החשובים.