החוקר כריסטופר קולומבוס היה האירופי הראשון שהגיע לחופי קוסטה ריקה (המטבע הקוסטה ריקאי קרוי על שמו - "Colon" - קולומבוס בספרדית). קולומבוס נחת בחוף המזרחי של קוסטה ריקה ב-1502 במסגרת מסעו הרביעי והאחרון ליבשת אמריקה. הוא התרשם מהעושר המופגן שהציגו בפניו ראשי השבטים האינדיאנים וקרא למקום "Costa Rica" ("החוף העשיר" בספרדית). אולם למעשה הייתה קוסטה ריקה אזור קשה למחיה ונטול אוצרות טבע. ניסיונות ההתיישבות של ספרד על אזור החוף הקאריבי נכשלו וב-1521 הוקמה המושבה הספרדית הראשונה, קרטגו, באזור ההרים המרכזי בקוסטה ריקה. משום שלא נמצאו זהב וכסף נותרה המושבה מבודדת וענייה. ניסיונות ההתפשטות של הספרדים נכשלו והם הובסו פעמים רבות בקרבות עם שבטי האינדיאנים המקומיים. חמשת הרי הגעש הפעילים של קוסטה ריקה ורעידות אדמה תדירות מנעו הקמה של יישוב קבע מבוסס. כך נותרה המושבה קרטגו מבודדת וקוסטה ריקה הייתה מנותקת למעשה מן האירועים החשובים שהתרחשו באירופה ואמריקה המרכזית.

הבאת הקפה לקוסטה ריקה ב-1808 חיזקה את מצבה הכלכלי. משום שרוב אוכלוסיית האינדיאנים המקומית נתדלדלה בינתיים ממחלות שהביאו האירופים, נאלצו החוואים בקוסטה ריקה לגדל את הקפה בעצמם, לכן הצליחה קוסטה ריקה לשמור על אחוז אוכלוסייה אירופית גבוה ביחס לשאר מדינות אמריקה הלטינית. מספר עבדים ממוצא אפריקאי אמנם הובא לאזור החוף הקאריבי של קוסטה ריקה. עם זאת, קוסטה ריקה נותרה מבודדת, ולמעשה לא השפיעה כלל על מהלך האירועים במרכז אמריקה. הידיעות על שחרורה של קוסטה ריקה מספרד ב-1821 הגיעו באיחור של חודש. ב-1823 הדיח הגנרל המקסיקני אנטוניו לופס דה סנטה אנה את קיסר מקסיקו והכריז על רפובליקה. המחוזות של מרכז אמריקה הכריזו בתגובה על ניתוקם ממקסיקו ועל הקמת הפרובינציות המאוחדות של מרכז אמריקה. הפדרציה החזיקה מעמד עד 1839, אך התפוררה ל-5 מדינות, אחת מהן היא קוסטה ריקה. עם הצלחת גידולי הקפה בקוסטה ריקה התחזק המאבק על השלטון בין 5 משפחות של בעלי אחוזות בקוסטה ריקה.

ב-1856 ניסה ההרפתקן האמריקאי ויליאם ווקר לשעבד את מדינות מרכז אמריקה כדי שאוכלוסייתן, בסיוע עבדים מאפריקה, תכרה תעלה בין האוקיינוס האטלנטי לאוקיינוס השקט. הוא זכה לתמיכתו של הנשיא האמריקאי ג'יימס ביוקנן ולסיוע כספי של משקיעים אמריקאים נוספים. בעזרת שכירי חרב קובנים הוא השתלט על ניקרגואה. נשיא קוסטה ריקה, חואן רפאל מורה, הורה על גיוס ויצא להילחם בווקר ובחייליו. צבא קוסטה ריקה חסר הניסיון הצליח להדוף את צבא השכירים הקובנים לאחוזה במחוז גואנקסטה, על גבול ניקרגואה. הקרב לבסוף הוכרע בשריפת האחוזה על ידי החייל חואן סנטמריה, פעולה שעלתה לו בחייו, אך הפכה אותו לגיבור הלאומי של קוסטה ריקה. קוסטה ריקה ניצלה את ההזדמנות וסיפחה את כל מחוז גואנקסטה לשטחה. הנשיא מורה נלכד בדרכו חזרה על ידי בעלי אחוזות יריבים והוצא להורג. גם ויליאם ווקר הוצא להורג לאחר שנתפס בניסיון בריחה, בהונדורס.

לאחר תקופת שלטונו של הדיקטטור פדריקו טיקונו גרנדוס התייצבה קוסטה ריקה כדמוקרטיה. ב-1948 הוביל חוסה פיגרס פרר התקוממות נגד הממשלה בטענה שהבחירות היו מזויפות. מלחמת האזרחים נמשכה 44 יום, בסיומה נקבעה חוקה חדשה. במסגרת החוקה החדשה הוחלט על ביטול הצבא, וב-1 בדצמבר 1948 נערך טקס רשמי במהלכו הרס הנשיא חוסה פיגרס פרר את מגדל השמירה באחד מבסיסי הצבא - ובכך סימל את ביטולו של הצבא. קוסטה ריקה הייתה המדינה הראשונה בעולם שביטלה את הצבא באופן חוקתי. מ-1953 מתקיימות בחירות בקוסטה ריקה על פי החוקה החדשה.