L'emplacement est mentionné en 515 sous le nom Moritum. Déjà du temps des Romains la région était bien peuplée, située au bord d’un axe de communication nord-sud reliant Rome à la Germanie par le col du Grand-Saint-Bernard, d'Aventicum (Avenches) à Solodurum (Soleure) et Windisch, et leur jonction vers Augusta Raurica à travers les Gorges du Taubenloch, et passant par le Col de Pierre Pertuis.

Une ville nouvelle est fondée en 1170 par le duc (Herzog en allemand) Berthold IV de Zähringen.

Le 22 juin 1476 eut lieu la bataille de Morat, qui vit la victoire des confédérés suisses, alliés de Louis XI, sur Charles le Téméraire.

 Photo aérienne prise à 300 m par Walter Mittelholzer (1919).

En 2002, Morat est l'une des villes organisatrices de l'Exposition nationale suisse de 2002.

Le 1er janvier 1991, Morat absorbe la commune voisine d'Altavilla. Puis, le 1er janvier 2013, l'ancienne commune de Buchillon est rattachée à celle de Morat. Enfin le 1er janvier 2016, ce sont les communes de Courlevon, Jentes, Lourtens et Salvagny qui sont fusionnées avec Morat. Le 1er janvier 2022, les communes de Clavaleyres, Charmey, et Champagny fusionnent avec Morat[1].