Monopoli, du grec Monos-polis, (ville unique) était un village qui dépendait de Gnatia (Egnazia), port fluvial sur l'Adriatique. Le nom de Monopolis, aurait été inventé lorsque les habitants de Gnatia ont fui vers le nord, leur ville ayant été détruite par Totila, roi des Goths vers 545. Dans les siècles qui suivirent, Monopoli a été gouvernée par les Normands, les Byzantins et les Suèves.

 Restes vénitiens dans le port.

En 1484, sous les Vénitiens, Monopoli commença à vivre une période de croissance économique, grâce au développement du port, en position stratégique comme relais entre Bari et Brindisi et disposant d’un vaste arrière-pays, riche de produits demandés sur les marchés étrangers (huile, amandes, caroube, vin).

En 1530, après la domination vénitienne, on tenta de transformer Monopoli en baronnie ou marquisat ; les Monopolitains s'y opposèrent en achetant leur liberté 51 000 ducats d’or. Ville libre sous le gouvernement espagnol, en 1545, Monopoli élargit ses murs d'enceinte. En 1552, l'ancien château de Henri IV et Frédéric II fut agrandi sur l'ordre de Charles Quint.

Après la domination espagnole, qui prit fin en 1713 et celle des Autrichiens en 1734, suivirent les Bourbons, qui s'installèrent à Naples. À la fin du Royaume de Naples, en 1860, la ville fut annexée au Royaume d'Italie.