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D'origine préromaine, il fleurit entre les VIIIe et VIe siècles av. J.-C. dont ont été retrouvées quelques tombes dans le quartier Sant'Angelo. De la période ancienne on ne sait pas grand-chose et les premières informations sûres sur l'existence de Graculum ou Cracum remontent à la période de la conquête normande de la Basilicate et du sud de l'Italie (XIe siècle).

En 1060, il est mentionné parmi les possessions de l'archevêque Arnaldo de Tricarico. La présence des religieux fait penser que le repeuplement de la colline sur laquelle se dressait l'ancien habitat préromain a été l’œuvre des moines basiliens au Xe siècle. Sous les Normands il fut donné à Erberto (1154–1168), puis à Roberto de Pietrapertosa (1176–1179) et, sous les Souabes, à Goffredo (1239). À cette époque, le château existait déjà au sommet de la colline.

Avec l'accession au trône de Charles Ier d'Anjou (1268), Craco devint le fief de Pietro de Beaumont. Plusieurs familles puissantes du Moyen Âge se succédèrent : les Monforte (fin du XIIIe siècle), les Del Balzo, les Sforza (XVe siècle), les Sanseverino (XVIe siècle).

En 1799, la population adhéra aux idéaux républicains et se souleva contre le pouvoir des nobles feudataires, mais la révolte fut réprimée dans le sang par les troupes du Cardinal Ruffo.

Après l'unification de l'Italie, en 1861 Craco est occupée par les brigands de Carmine Crocco.

En 1963 commença la série d’éboulements qui, à plusieurs reprises, fit s'écrouler de nombreuses maisons. La population dut s’en aller ailleurs et abandonna complètement Craco en 1975. Actuellement, la population vit dans la frazione de Craco Peschiera.

Depuis le déplacement massif de la population, le site de l'ancienne ville de Craco est officiellement une « ville fantôme »[1].

En 2010, Craco est entré dans la liste de sites à sauvegarder compilé par le Fonds mondial pour les monuments.