Les premiers vestiges de présence humaine dans cette zone datent du paléolithique moyen, quand l’homme de Neandertal habitait dans les environs de Cuevas de Almanzora. C’est à l’époque néolithique que l’on trouve quelques traces sur les terres de Mojácar.

Beaucoup d’auteurs se rejoignent lorsqu’ils parlent de « Mojácar La Vieja » assise en plein berceau de la culture argare, (2000 ans av. J.-C.), la première de Péninsule Ibérique, à être formée comme société organisée.

Avec la décadence de la culture argare commence l’âge du fer (XVe siècle av. J.-C.), avec l’arrivée des Celtes venus du centre et du nord de l’Europe. Vinrent aussi les colonisateurs méditerranéens phéniciens et grecs qui exploitèrent la richesse minière de la montagne Almagrera. Les Phéniciens s’installèrent dans cette région, attirés par la nouvelle et la connaissance de villages au développement florissant.

Les Romains commencèrent à conquérir ces terres à la fin du IIIe siècle av. J.-C. A Mojácar on a trouvé des restes de stations romaines comme une tuilerie au pied de Mojácar La Vieja, un village agricole et un réservoir d’eau « Quebrado ».

Au Ve siècle apr. J.-C., se produisit l’invasion des Barbares. D’entre eux ce sont les Visigoths qui s’approprièrent les terres, et y restèrent jusqu’au début du VIIIe siècle, avec l’irruption des armées arabes et le début de la longue étape musulmane.

On croit que pendant toute cette époque, Mojácar était situé sur Mojácar La Vieja, et que probablement la mer arrivait à leur pied. De là, on dominait toute la vallée et possédait l’un des plus grands réservoir d’eau plus impressionnant que ceux conservés par l’ancien règne de Grenade.

On croit que c’est à la fin du XIIIe siècle que le lieu commença à être abandonné et que s’est formé le noyau urbain de Mojácar actuel. Il est possible qu’il fût détruit par un tremblement de terre ou bien parce que les habitants harcelés par les chrétiens cherchèrent une enclave plus protégée. À partir de là, l’histoire de Mojácar devient difficile pour ses habitants, à cause des relations ardues entre l’Islam et la Chrétienté.

En 1488 eut lieu le passage de Mojácar maure à Mojácar chrétien.

Le 10 juin 1488, les gouverneurs de toute la zone vinrent se rendre aux Rois catholiques, cependant celui de Mojácar s’y refusa, ce qui alerta les rois, vu que Mojácar par sa situation stratégique et son nombre considérable d’habitants, constituait l’un des points significatifs de la région. Les rois, par prudence envoyèrent à Mojácar une ambassade dirigée par le Capitaine Garcilaso pour sonder l’opinion et avec l’invitation à se rendre. Selon ce que disait la légende c’est à la Fontaine qu’Alabez expliqua ses raisons : « Je suis aussi espagnol que vous. Ceux de ma race et moi, avons vécu plus de 700 ans en Espagne et vous nous dites de partir. Il me semble donc juste que vous nous traitiez en frères, non en ennemis, et que vous nous permettiez de continuer à labourer notre terre. Et il ajouta : moi, avant de me rendre comme un lâche, je saurai mourir comme un espagnol. »

Garcilaso rentra à Vera et conta l’entrevue aux rois qui donnèrent leur confiance à Alabez. Restant fidèle à sa parole, Mojácar vécut plus une ville d’Espagne chrétienne.

Vers les années 1950, le peintre almérien Jesús de Perceval, fonda le Mouvement Indaliano, qui trouva son capital esthétique et ses racines à Mojácar. Son nom, sa magie et son charme furent alors propagés dans toute l’Espagne.

On commença à construire des hôtels complexes, résidences et on blanchit les maisons à la chaux. À la fin des années soixante Mojácar reçu le prix d’embellissement et amélioration des villages d’Espagne. Aujourd’hui, Mojácar est un village qui reste fidèle à son architecture, à la couleur de ses maisons, à l’environnement et à ses espaces protégés, à ses plages et petits coins.