Mardin a une place très importante dans l'histoire. Au IIIe siècle, elle est habitée par des Assyriens syriaques chrétiens, jusqu'en 640, année où la ville et la région (Djezireh, Gzîrta, al-Jazîra) sont conquises par les Arabes[1].

Au XIIe siècle, les Seldjoukides conquièrent le Caucase puis l'Est anatolien. Mardin tombe en 1104. En 1394, la ville est sous domination mongole[2]. En 1516, elle fait partie de l'Empire ottoman[1].

Au début du XIXe siècle, la ville subit de nombreux dommages au cours de la répression des révoltes kurdes, puis de son occupation par les troupes arrivées d'Égypte en 1839. Dès lors, Mardin perd son statut de centre régional incontournable[1].

À la fin du XIXe siècle, environ la moitié des habitants de Mardin sont chrétiens[3] (araméens-assyriens-chaldéens et arméniens). Durant la Première Guerre mondiale, dans le cadre du génocide de 1915 (appelé Seyfo par les assyriens de la ville) environ 12 000 sont déportés ou massacrés[4],[5] ainsi que les autres minorités chrétiennes comme les 8 000 Arméniens de la ville par des tribus kurdes[6], avec l'appui du gouvernement[7]. D'autres sont enlevés ou victimes de conversion forcées à l'islam. On compte au total, avec les villages alentour (Midyat, Kerbûran, Kerjaous, Djézireh, Nisibe, etc.) environ 75 000 victimes[8]. Parmi les victimes s'illustre la grande figure de Mgr Ignace Maloyan, archevêque arménien catholique, et P. Léonard Melki de Baabdath (Liban), missionnaire Capucin, tués ensemble dans une même caravane, le 11 juin 1915.

Grâce à son riche patrimoine la ville attire de plus en plus de touristes, elle espère être classée au patrimoine mondial en 2012.