La zone de l'actuelle Jodhpur était dirigée depuis environ 1100 par le roi Bargujar. Jodhpur elle-même fut fondée en 1459 par Rao Jodha, un chef rajput du clan Rathore. Rao Jodha conquit les territoires avoisinants et fonda un État nommé Mârvar, dont la capitale initiale fut Mandore.

La ville de Jodhpur était stratégique pour le clan, notamment pour le commerce de l'opium, du café et de nombreuses épices entre la ville et Delhi.

Ensuite, l'État du Marwar établit des alliances avec l'Empire moghol, notamment en fournissant de puissants chefs de guerre, tel le Maharaja Jaswant Singh. Jodhpur connut alors une période d'ouverture sur le monde, et de renouveau architectural et culturel.

Aurangzeb prit d'assaut temporairement la ville, aux alentours de 1679, mais le roi légitime fut rapidement remis en place après la mort d'Aurangzeb en 1707. L'empire moghol déclina peu après 1707, et la brillante ville de Jodhpur également. Vient ensuite une intervention des Marathes, qui supplantèrent les Moghols dans la région. Ce changement de régime n'assura ni la paix ni la prospérité, et il s'ensuivit 50 années de guerre et de traités divers. L'État fut finalement soumis aux règles de l'empire britannique en 1818. Il périclita alors rapidement mais se maintint jusqu'en 1949. Il fut alors intégré à l'État du Rajasthan.