Le versant, sur lequel se trouve l'église, était auparavant densément peuplée, en témoignent les vestiges de nombreux bâtiments disposés le long de rues encore visibles au XIXe siècle. Des croix de pierre existaient encore en 1867, lorsque Narychkine visita le site.

La ville de Shoana s'étendait sur 7 ha[1], elle était située au carrefour de deux routes importantes, l'une allant de la Grande Laba au Kouban et à la Mara, l'autre étant l'ancienne route militaire de Soukhoumi. La forteresse de Khoumara (rive droite du Kouban) bâtie à l'époque Khazar protégeait alors cette région très peuplée[2]. Des céramiques des Xe – XIIe siècles et des sépultures des IXe – XIIIe siècles attestent de l'ancienneté de la ville[1].

L'église se situe à l'extérieur de l'ancienne ville de Shoana, sa vocation n'est donc pas évidente, était-elle rattachée à un monastère, était-elle utilisée pour des cérémonies particulières ? En 2010, aucune explication n'y était apportée[3].

À la fin du XIXe siècle, l'église de Shoana fut transformée en église du monastère Alexandre-Athos. Le temple a été replâtré, le toit a été remplacé et les chapelles ont été reconstruites.

En 2007, les habitants du village de Khetagorovo ont procédé à une réparation non autorisée de l'église. Un nouvel enduit a recouvert l'enduit d'origine qui a ainsi disparu. Quelques investigations ont néanmoins révélé des restes d'anciennes peinture décoratives. On peut également observer des inscriptions grecques, arabes, géorgiennes, arméniennes et russes de différentes époques ainsi que des tamgas du Caucase du Nord - tamga[4].

Le 16 février 2016, en Russie, une pièce commémorative en argent dédiée à l'église Shoana a été frappée[5].