Fondée par des tribus touaregs (Ifadalan, Massoufa, etc) au XIe siècle sur un lieu stratégique au croisement des principales routes transsahariennes, son économie s'est développée grâce au commerce caravanier essentiellement à partir du XVIe siècle. C'est à cette époque qu'elle aurait supplanté l'ancienne capitale de l'Aïr : Assodé, détruite par des guerres tribales et qu'elle aurait connu son heure de gloire.

Léon l'Africain dans le septième livre de sa Description de l'Afrique la décrit ainsi : « cité ceinte de murailles », « les maisons sont fort bien bâties », « somptueux palais ». Agadez garde les vestiges de ses murailles jusque dans les années 1960.

En 1850, Heinrich Barth, célèbre explorateur allemand découvre une ville en ruines. Il y reste un mois mais l'on peut encore aujourd'hui visiter, dans la vieille ville, la maison en banco dans laquelle il a séjourné. La mosquée d'Agadez est surmontée d'un minaret en forme d'obélisque. C'est le plus haut monument du Sahara construit en banco (terre séchée au soleil).

Au début des années 1970 et 1980, de graves sécheresses ont contraint de nombreux nomades à quitter la brousse pour venir trouver refuge en ville. Agadez a alors accueilli ces nouveaux venus de l'exode rural, ce qui a causé des problèmes de logement, d'assainissement et de distribution d'eau.

Lors de la crise migratoire commencée en 2015, Agadez devient l'un des principaux lieux de passage de populations africaines désirant gagner l'Europe. Peu après, son activité se transforme sous l'effet du développement grandissant de l'orpaillage[1].