Sa fondation remonte aux environs de 780 par un évêque de Coire. D'abord établie comme abbaye de moines, elle devient abbaye féminine en 1167. On y découvre des fresques romanes des années 1160 pendant des travaux de restauration du XXe siècle.

La renaissance carolingienne est une réussite de Charlemagne, roi et protecteur, force initiale de l'abbaye. Tout au long de l'histoire, l'art, l'éducation ont véritablement prospéré en temps de paix, mais la guerre fut souvent facteur d'importantes évolutions. Au début du Moyen Âge, les conflits constants avec les royaumes francs entravent les progrès précédemment issus des Romains. Sous Charlemagne prospère une impulsion monastique.

Fervent chrétien, Charlemagne veut éduquer. Cela passe aussi par les nombreux monastères, qui forment de nombreux missionnaires envoyés vers les régions nouvellement conquises de son empire. Les objectifs de ces centres de formation sont principalement axés sur l'éducation. Leur mission est de fournir des bases pour la formation d'un clergé apte à former des paroissiens. Ces monastères représentent une grande partie de l'art et de l'architecture de la Renaissance carolingienne.

Les artisans carolingiens sont réputés en tant que peintres, bijoutiers et orfèvres. Leur aptitude à la décoration a été souvent utilisée pour décorer aussi les manuscrits. Le style carolingien de peinture s'appuie sur les techniques des époques et styles romains (chiffres), chrétiens (sujets) et germaniques (animaux). Les représentations des épisodes évangiles, ainsi que ceux du Roi David, les rois carolingiens, et le Christ en majesté, sont particulièrement populaires.

L'abbaye aurait été créée vers 780 par un évêque de Coire, peut-être sur les ordres de Charlemagne, dans la même vague de construction de monastères proches (Cazis, Mistail, Pfäfers, et Disentis). L'abbaye, située le long du Val Müstair, participe de la fortification de ce lieu de franchissement des Alpes. En 881, l'abbaye passe complètement sous le contrôle de l'évêque de Coire. Des premières années de l'abbaye, au début du IXe siècle, date une série de fresques dans l'église. Plus tard, aux XIe et XIIe siècles, l'abbaye connaît une deuxième expansion, et de nouveaux tableaux sont ajoutés sur les fresques anciennes. Ces peintures ont été redécouvertes au XXe siècle.

 Statue de Charlemagne dans l'église

Au Xe siècle, le clocher de l'église est ajouté à l'église abbatiale. Au cours de l'expansion de la XIe siècle, l'évêque de Coire agrandit sa résidence au monastère. Sont également ajoutés la maison de la tour, le cloître, et la double chapelle de Saint-Ulrich et Saint-Nicolas. Au cours de l'expansion, les deux étages de résidence et chapelle de l'évêque sont également décorés en stuc et en fresques. Au XIIe siècle, les occupants de l'abbaye changent, les moines cédant la place aux nonnes. Ce changement, mentionné en 1167, semble récent à cette date.

La guerre de Souabe, tentative des Habsbourg d'affirmer leur contrôle des Grisons et des cols alpins clés, commence avec cette installation. Le 20 janvier 1499, les troupes des Habsbourg occupent la vallée environnante, et pillent le couvent. Elles sont suivies par les troupes des Trois Ligues, à la bataille de Calven. Après le raid, un armistice est signé entre les Habsbourg et les Trois Ligues. Cet armistice de quelques jours est vite rompu. Des raids ont rapidement dégénéré en guerre Souabe, jusqu'au traité de Bâle (septembre 1499) qui accorde une quasi-indépendance à la Confédération suisse.

Vers 1500 l'église abbatiale est modifiée : la simple nef carolingienne est augmentée de deux nouvelles, pour atteindre les trois nefs de style gothique tardif. Peu de temps après, en 1524 et 1526, à travers les Ilanzer, la ligue de la Maison-Dieu affaiblit le pouvoir temporel de l'évêque, réduisant les revenus de l'abbaye.

Dans l'esprit du Concile de Trente, l'évêque émet une série de réformes qui régissent la vie religieuse entre 1600 à 1614. Les réformes incluent de nouvelles réglementations quant à savoir qui pourrait recevoir les sacrements et la publication du bréviaire.

Tout au long de l'histoire de l'abbaye, des conflits l'opposent à l'évêque de Coire (à l'exemple de la crise de la Ligue Habsbourg). Le supérieur de l'abbaye puis l'abbesse sont généralement choisis par l'un de ces trois pouvoirs.