Linnoituksen paikalla oli varhaisempi linnoitus oletettavasti jo arabikaudella 800–900-luvuilla ja viimeistään saaren toisella bysanttilaisella kaudella 900–1200-luvuilla. Se mainitaan nimellä Castellum Comunis. Linnoitus ilmeisesti tuhoutui maanjäristyksessä vuonna 1303. Venetsialaisvallan alussa paikalle rakennettiin pieni tornimainen linnoitus.[1][2]

 

Linnoitusta ulkoa.

Nykyisin paikalla oleva linnoitus rakennettiin vuodesta 1523 alkaen Iraklionin laajamittaisten linnoitustöiden yhteydessä. Näihin linnoitustöihin kuuluivat myös muun muassa kaupunginmuurit. Linnoitus valmistui vuonna 1540. Venetsialaiset kutsuivat sitä nimillä Rocca a Mare, Castello a Mare (”Merilinna”) ja Castello.[1][2]

 

Linnoitusta sisältä.

Osmanit valtasivat linnoituksen samoin kuin muun Iraklionin vuonna 1669. Sillä ei ollut kovin suurta osaa tätä edeltäneessä Iraklionin piirityksessä vuosina 1646–1669. Linnoituksen nimi Koúles tulee turkin kielen linnaa ja tornia tarkoittavasta sanasta kale. Osmanit rakensivat linnoitusta vastapäätä toisen, pienemmän linnoituksen, Mikrós Koulés (”Pieni Koúles”). Tämän vuoksi suurempaan linnoitukseen on viitattu myös nimellä Mégas Koúles (”Suuri Koúles”). Pienempi linnoitus purettiin vuonna 1936.[1]

Nykyisin linnoituksen sisätiloja käytetään näyttelytiloina ja ulkotiloja konsertteihin.[2]