Chanián paikalla on ollut asutusta jo neoliittisella kaudella. Se keskittyi nykyiselle Kastéllin kukkulalle. Samalla paikalla oli kaupunki ja palatsikeskus minolaisella kaudella eli Kreetan pronssikaudella 1000-luvulla eaa. Viimeistään mykeneläiseltä ajalta lähtien se tunnettiin nimellä Kydonia.[1][2][3]

 

Minolaisen Kydonian raunioita Kastéllin arkeologisella alueella.

Antiikin aikana Kydonia oli yksi Kreetan merkittävimmistä poliksista eli kaupunkivaltioista.[2][3] Roomalaisten vallattua Kreetan vuonna 67 eaa. Kydonia joutui ensimmäisten joukossa lännestä päin saarelle tulleen hyökkäyksen kohteeksi. Seuranneella roomalaisella kaudella kaupungilla oli edelleen merkittävä asema, ja se sai säilyttää joitain erioikeuksia 300-luvulle asti. Antiikin ajan kaupungista on tehty vain vähäisiä löytöjä, sillä monien rakennusten osat on käytetty uudestaan, ja myöhempi kaupunki on loppujen jäänteiden päällä.

Kaupungin vaiheista Kreetan ensimmäisellä bysanttilaisella kaudella 300–800-luvuilla tiedetään vain vähän. Saraseeniarabit valtasivat ja tuhosivat kaupungin vuonna 823. Arabikaudella kaupunki sai nykyisen nimensä. Erään teorian mukaan se perustuisi antiikin ajalta periytyneeseen lähiseudun kylännimeen Alkhania Kōmē. Kyseinen kylä oli omistettu Velkhanokselle eli Vulkanukselle. Arabit kutsuivat kaupunkia tämän perusteella nimellä Al Chanea. Tästä kehittyi bysantinkreikkalainen muoto Khania, latinan Canea ja lopulta nykykreikkalaisittain Chaniá.[1][4][5]

Bysanttilaiset valtasivat Khanian takaisin muun Kreetan ohella vuonna 961. Tämän jälkeen kaupunki rakennettiin uudelleen, ja Kastéllin kukkula linnoitettiin.[1] Tästä alkoi saaren niin kutsuttu toinen bysanttilainen kausi.

 

Chanián eli Canean satamaa venetsialaisella kaudella.

Vuonna 1204, neljännen ristiretken seurauksena, kaupunki päätyi muun Kreetan mukana venetsialaisille. Venetsialaiset rakennuttivat ja linnoittivat kaupunkia uudelleen. Sen ympärille rakennettiin kaupunginmuurit, jotka varustettiin lopulta bastioneilla ja suurella vallihaudalla. Satamaa parannettiin ja sinne rakennettiin suuret arsenaalit eli laivatelakat.[1]

Venetsialaisella kaudella kaupunki kehittyi saaren toiseksi merkittävämmäksi keskukseksi Candian eli nykyisen Iraklionin jälkeen. Sitä rakennettiin venetsialaiseen tyyliin. Kaupungin väkiluvun arvellaan olleen tuolloin noin 8 000 henkeä.[1]

 

Chanián vanhaakaupunkia Kastéllissa.

Osmaniturkkilaiset valtasivat Chanián vuonna 1645 kaksi kuukautta kestäneen piirityksen jälkeen. Kaupunki kärsi suuria tuhoja. Osmanit rakennuttivat kaupunkia uudelleen turkkilaiseen tyyliin. Sen kirkot muutettiin moskeijoiksi minareetteineen, ja sinne rakennettiin muun muassa turkkilaisia kylpylöitä. Chaniálaiset kapinoivat usein osmanivaltaa vastaan muiden kreetalaisten ja kreikkalaisten tavoin.[1]

Chaniá toimi itsenäisen Kreetan valtion pääkaupunkina sen perustamisesta vuodesta 1898 lähtien. Vuonna 1913 Kreetan valtio liitettiin Kreikkaan, jonka jälkeen Chaniá jatkoi Kreetan alueen pääkaupunkina vuoteen 1971, jolloin Iraklionista tuli alueen pääkaupunki.

Nykyinen Chanián kunta muodostui, kun Chaniá, Akrotíri, Elefthérios Venizélos, Keramiá, Néa Kydonía, Soúda ja Thériso yhdistyivät vuoden 2011 alussa Kallikrates-suunnitelman mukaisesti.[6]