Linnoituskukkula on saattanut muinoin olla saari. Antiikin aikana kukkulan uskotaan toimineen Rhithymnan kaupungin akropoliina. Kukkulalla oli linnoitettu asumus myös saaren toisella bysanttilaisella kaudella 900–1200-luvuilla. Se tunnettiin myöhemmin nimellä Palaiókastro (”Vanha linna”) ja italialaisittain Castrum Rethemi, Castel Vecchio ja Antico Castello.[1]

 

Linnoituksen muureja.

Vanha linnoitus säilyi käytössä saaren venetsialaisvallan alussa. Nykyinen Réthymnon linnoitus rakennettiin kukkulalle sen jälkeen, kun merirosvo Ulutz Ali oli tuhonnut huonosti linnoitetun kaupungin vuonna 1571. Rakentaminen alkoi vuonna 1573 ja se valmistui vuonna 1580. Linnoitus, samoin kuin koko kaupunki, toimivat venetsialaisille tukiasemana Canean (Chaniá) ja Candian (Iraklion) välillä purjehdittaessa. Linnoitus ei koostaan huolimatta vaikuta koskaan olleen erityisen vahva, ja sopi ennemmin Venetsian alueelliseksi tukikohdaksi kuin kestämään pitkäkestoista piiritystä. Tästä kertoo sekin, että turkkilaisten piirittäessä sitä vuonna 1646 se kukistui vain 23 päivässä, siinä missä Iraklion kesti piiritystä 21 vuotta.[1][2]

 

Linnoituksen sisäosia ja Sulttaani Ibrahimin moskeija.

Linnoitus oli käytössä edelleen osmanivallan aikana, ja toimi turkkilaisen hallinnon keskuksena. Tuona aikana rakennusten lukumäärä alueella kasvoi, ja 1800-luvun alussa se oli kauttaaltaan rakennettu ja asuttu. 1800-luvun kuluessa asukkaat muuttivat kuitenkin vähitellen muualle.[1]