Varhaisimmat merkit asutuksesta Delfoissa ovat myöhäiseltä mykeneläisajalta noin 1100 eaa. Sekä Apollonin että Athene Pronaian pyhäkköalueilta on löydetty mykeneläisiä figuriineja ja keramiikkaa. Kaupungin alkuperäinen nimi vaikuttaa olleen ensin Lykoreia ja sitten Pytho. Kaupunki hautautui maanvyöryssä mykeneläisen ajan lopulla. Mykeneläisajan jälkeen löydöissä on parin vuosisadan tauko, kunnes paikka asutettiin ilmeisesti uudelleen 900-luvulla eaa. Ensimmäiset merkit kulttitoiminnasta ovat 800-luvulta eaa. Apollonin kultti alueella sai alkunsa viimeistään 700-luvulla eaa. Ensimmäisten Apollonin pappien, jotka toivat paikalle Apollon Delfinioksen kultin ja tämän puisen kulttikuvan (ksoanon), kerrotaan olleen Knossokselta tulleita kreetalaisia. Samalla paikka sai nimen Delfoi.[1][2]

 

Ennallistus Delfoin alueesta antiikin aikana. Albert Tournaire, 1894.

 

Apollonin temppelin rauniot.

Apollonille omistettu Delfoin oraakkeli kukoisti erityisesti arkaaisella ajalla 500-luvulla eaa. Se teki Delfoista koko antiikin Kreikan uskonnollisen keskuksen ja muutoin hajanaisten kreikkalaisten kaupunkivaltioiden yhteyden symbolin.[3] Oraakkeli toimi poliittisena ja uskonnollisena neuvonantajana, ja sekaantui usein mm. kreikkalaisten kaupunkien käymiin sotiin. Myös Delfoin hallinnasta käytiin useita sotia, niin kutsuttuja pyhiä sotia 500–300-luvuilla eaa. Ensimmäisen pyhän sodan 600–586 eaa. seurauksena Delfoin hallinta siirtyi amfiktyoniliitolle, joka koostui aluksi 12 kreikkalaisesta kaupunkivaltiosta, mukaan lukien Ateena ja Sparta. 500-luvun alkupuolella eaa. perustettiin Python kisat, jotka muodostuivat Kreikan toiseksi tärkeimmiksi panhelleenisiksi kisoiksi Olympian kisojen jälkeen. Niitä vietettiin joka neljäs vuosi (alun perin joka kahdeksas vuosi) Python-hirviön muistoksi, ja niihin kuului urheilu- ja näytelmäkisoja.[1][4][2]

Kulttipaikkana Delfoi ohitti jopa Olympian ja monet muut paikat, koska sillä oli kansainvälinen, ei pelkästään yleiskreikkalainen rooli.[2] Ajan myötä Delfoi sai lukuisia kalliita lahjoja eri puolilta antiikin maailmaa. Lahjoituksia asetettiin tätä varten rakennettuihin aarrekammioihin sekä näkyville pyhän tien varteen. Pyhäkön rikkaudet houkuttivat usein myös ryöstäjiä.[4] Persialaissotien aikana vuonna 480 eaa. arvoituksellinen maanvyörymä pysäytti persialaisten hyökkäyksen Athene Pronaian pyhäkön alueella. Toisessa pyhässä sodassa vuonna 448 eaa. fokislaiset saivat alueen hallintaansa Ateenan avustuksella, mutta se palautettiin delfoilaisille Spartan avulla. Kolmas pyhä sota sekä Makedonian nousuun liittynyt neljäs pyhä sota alueen hallinnasta käytiin vuosina 356 ja 340 eaa. 200-luvulla eaa. aluetta hallitsivat aitolialaiset. Vuonna 232 eaa. alue pelastui gallialaisten hyökkäykseltä. Hellenistisenä aikana kaupunkia tukivat lahjoituksin erityisesti Pergamonin kuninkaat.[1][2]

Rooman hallinnoimaksi kaupunki päätyi vuonna 191 eaa. Sulla ryösti alueen vuonna 86 eaa. Myös Nero siirsi aarteita pois Delfoista. Hadrianuksen ja Antoninusten aikana roomalaiset puolestaan pyrkivät jälleen kehittämään aluetta.[4] Tunnetuin Delfoin papistoon kuulunut on roomalaisella ajalla elänyt filosofi ja kirjailija Plutarkhos, joka käsitteli paikkaa ja sen oraakkelia muun muassa teoksissaan Delfoissa olevasta E-kirjaimesta ja Delfoin Pythian oraakkeli ei enää ennusta runomuodossa. Pausanias vieraili Delfoissa noin vuonna 170 jaa. ja kuvasi tuolloin jo rappeutuvaa kaupunkia laajalti teoksessaan Kreikan kuvaus.[1][5]

Delfoin merkitys väheni myöhäisantiikin aikaa kohti. Paikallinen kiinnostus pyhäkköön säilyi 200-luvulle jaa., mutta kansainvälisesti kiinnostus rajoittui roomalaisajalla turismiin ja kisoihin. Julianus Apostata yritti elvyttää pyhäkköä ja oraakkelin toimintaa 300-luvulla, mutta papit vastasivat oraakkelin vaienneen.[4] Kristitty keisari Theodosius I lakkautti oraakkelin virallisesti noin vuoden 385–390 tienoilla.[6][2] Paikka hylättiin lopullisesti viimeistään 600-luvulla ja seuraavien vuosisatojen aikana pyhäkköalue raunioitui.[7]

Bysanttilaisella keskiajalla antiikin aikaisen kaupungin paikalle syntyi Kastrín (”Linna”) kylä, jonka nimi kantoi muistumaa paikalla olleista vanhoista merkittävistä rakennuksista. Cyriacus Anconalainen (Ciriaco de' Pizzicolli) teki havaintoja Delfoin nähtävissä olleista kohteista, kuten teatterista ja stadionista, sekä kopioi paikalla olleita piirtokirjoituksia vuonna 1436. 1600-luvulta 1800-luvulle useat paikalla vierailleet ulkomaalaiset tekivät huomioita alueen kunnosta ja kylän surkeasta tilasta ja sijainnista.[7]

 

Delfoin arkeologisia kaivauksia vuonna 1902.

Kiinnostus aluetta kohtaan lisääntyi 1800-luvulla ja alueella alettiin suorittaa pienimuotoisia kaivauksia vuodesta 1828 eteenpäin. Ensimmäisenä kaivauksia suoritti Edmunt Laurent, joka löysi muun muassa Athene Pronaian pyhäkköalueen vuonna 1838. Jo heti alussa ymmärrettiin, että Kastrín kylä tulisi purkaa ja siirtää pois, jotta varsinaisen Apollonin temppelin alueen kaivaukset voitaisiin suorittaa. Tähän ei kuitenkaan ollut varoja useisiin vuosikymmeniin, sillä asukkaiden vaatimukset kasvoivat sitä mukaa kun he ymmärsivät alueen merkityksen. Kaivaukset olivat pitkään vain osittaisia, ja kyläläiset peittivät ne pian uudelleen.[7]

Alussa alueen kaivauksia tekivät laajemmin saksalaiset. Ensimmäiset varsinaiset arkeologiset kaivaukset suorittivat Ernst Curtius ja Cart Otfried Müller vuonna 1840. Sittemmin kaivausten johto siirtyi ranskalaisille ja niitä suoritti École française d’Athènes eli ranskalainen arkeologinen koulu Ateenassa heti perustamisestaan vuonna 1846 lähtien. Kaivausoikeuksista käytiin tuolloin pitkiä neuvotteluja, sillä myös saksalaiset ja amerikkalaiset olivat kiinnostuneita niistä. Ranskalaisten ”Grande Fouille” (”suuri kaivaus”) alueella tehtiin vuosina 1892–1903. Tuolloin Kastrín kylä siirrettiin nykyiselle paikalleen puoli kilometriä länteen ja se sai myöhemmin uuden nimen Delfoí antiikin aikaisen kohteen mukaan. Kaivausten johtajana toimi Theophile Homolle.[7]

Nykyään Delfoin alue on suosittu turistinähtävyys, ja siellä järjestetään säännöllisesti kansainvälisiä teatterijuhlia, joissa esitetään antiikin näytelmiä. Vuonna 1987 alue liitettiin Unescon maailmanperintöluetteloon.[3]