کلیسای استپانوس مقدس (به ارمنی Սուրբ Ստեփանոս վանք - به انگلیسی Saint Stepanos Monastery)، دومین کلیسای مهم ارمنی‌های ایران است که از نظر اهمیت بعد از کلیسای تادئوس مقدس قرار می‌گیرد. این بنا در استان آذربایجان شرقی در ۱۷ کیلومتری غرب شهر جلفا و در فاصله ۳ کیلومتری کرانه جنوبی رودخانه ارس در محلی به نام «قزل وانک» (صومعه سرخ) واقع شده‌است. این کلیسا در سده نهم میلادی ساخته شده‌است ولی به علت زلزله دچار آسیب‌های جدی شده بود که در دوران صفویه مورد مرمت و بازسازی قرار گرفت. این اثر در تاریخ ۱۵ اسفند ۱۳۴۱ با شمارهٔ ثبت ۴۲۹ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌است.

کلیه محوطه کلیسا در قلب کوه‌ها و در میان طبیعت سبز منطقه مرزی جلفا و جمهوری آذربایجان قرار گرفته‌است.

کلیسای استپانوس مقدس مورد احترام تمام مسیحیان و کم و بیش تمامی ادیان است اما در واقع به کلیسای حواری ارمنی تعلق دارد. در یک روز از سال هزاران نفر از ارمنیان در این نقطه گردهم می‌آیند تا ضمن زیارت، مراسم و مناسک خاص خود را به‌جای آورند.