Feniziarrek sortu zuten Lisboa hiria K. a. 1200. urte aldera. Olisipo hiriaren izen zaharrak Alis ubbo («Portutxo zoragarria») esapide feniziarra bide du jatorri. Odiseako Ulisesen aztarnak ikusi nahi izan dituzte beste batzuek izen horretan. K. a. 205ean erromatarrak jarri ziren Lisboan eta bertan egon ziren 409. arte (Felicitas Julia izena eman zion Julio Zesarrek). Alanoak, sueboak eta bisigodoak ibili ziren ondoren eta VIII. mendean musulmanen eskuetara igaro zen (714): haiek Al-Ushbuna izena eman zioten. Hauek, etxe eta mezkita ugari egin zituzten eta harrezia berregin zuten. Hau, Alfama auzunean ikuz daiteke. Mendeetan defentsa lan garrantzitsuak egin ahal izan zituen gerora San Jurgi gazteluak, portugesez Castelo dos Mouros izenaz ere ezaguna.

Normandiarren (844) eta Alfontso VI. Gaztelako eta Leongo erregearen (1093) erasoari aurre egin behar izan zion hurrengo mendeetan. Alfontso I.a Portugalgo lehen erregeak 1147an konkistatu ondoren herrialde hartako hiri bihurtu zuen betiko. 1256an Portugalgo hiriburu bihurtu zen eta erregeen egoitza hiria izan zen aurrerantzean, Coimbraren ordez. XIII mendean hiria San Jurgi gazteluaren muinotik atera eta behealdean hedatzen hasi zenean Rossio plaza bihurtu zen herri xehearen erdigunea.

1384an Lisboak bere bigarren setioa jasan zuen, 4 hilabete eta 27 egun iraun zuena eta erasotzaile moduan Gaztelako Koroak eragindakoa, Fernando I.a Portugalgo erregea zelarik.

XV-XVI. mendeetan ezagutu zuen Lisboak bere gorena, Europako kolonia-portu nagusia baitzen. Manuel I.aren erreinaldian (1495-1521) guztiz edertu zen hiria (Belemgo Dorrea eta Jeronimotarren monasterioa). Erregeak berak ere gaztelua utzi eta Tajo ibaiaren ertzean eraiki zuen jauregi berrian bizitzea erabaki zuen. 1497ko uztailaren 8an Vasco da Gamaren espedizioa hiriko portutik itsasoz atera zen, Mozambike eta Indiara iritsi zena.

1506. urtean, 3000 judu hil egin zituzten hirian.

Joanes III.a Elizkoiaren agintaldian (1521-1557) Kontrarreforma nagusitu zen Lisboan (Inkisizioa eta jesuitak tarteko). Espainiar gudarostearen okupazioarekin batean (1580-1640) hasi zen Lisboako hiri distiratsu haren gainbehera. Ingalaterrako gudarosteak hartu zuen parte gatazka horretan (1654), eta 1668an Lisboan izenpetu zuen Espainiako erregeak Portugalen burujabetasuna berresten zuen ituna. Britainiarren eragina nabaria izan zen handik aurrera Lisboan eta Portugal osoan.

1755eko Domusantu egunez, lurrikara izugarri batek jo zuen Lisboa bete-betean; 40 minutuko tartean bi aldiz jo zuen dardarak, eliza guztiak eraitsi eta Tajo ibaiko urak hartu zuen hiri guztia. Hogeita hamar mila lagunetik gora hil eta bederatzi mila etxe inguru galdu ziren. Pombalgo markesa lehen ministroak hiriaren behealdearen berreraikitzea planifikatu zuen. Errege jauregi suntsituaren tokian, Praça do Comércio enparantza ezarri zuen eta handik kale luze paraleloak luzatu zituen Rossio eta Figueira plazetaraino. Baixa Pombalina auzoa sortu zen horrela.

XIX. mendearen hasieran, britainiarrek eta frantziarrek hartu nahi izan zuten Lisboa eta gorabehera handien artean igaro ziren urteak (1807an frantsesek okupatu zuten eta ondoko urtean sartu ziren ingelesak berriro). Hiria handituz joan zen nolanahi ere, eta 1885erako 1785eko biztanle kopurua bikoiztu egin zen. 1880an zabaldu zen Avenida da Libertade, Lisboa berriko bide-ardatz nagusia. 1901ean hasi zen argindarra Lisboako bazter guztietara zabaltzen eta garai honetan berean atondu zen ura hornitzeko hoditeria berria Alvielatik.

1908an Karlos I.a eta haren seme Luis Felipe hil zituzten eta 1910an izendatu zuten Portugalgo Errepublika. XX. mendean asko hazi zen Lisboa hiria. 1911n sortu zen Lisboako unibertsitate modernoa.

Bigarren Mundu Gerraren garaian berrehun mila iheslari jaso zituen, baina luzaroan egon zen, Portugal guztia bezala, António Salazar diktadorearen oinpean (1932-1968). 1966an zabaldu zen Salazar zubia, gaur egun Apirilak 25 zubia izena duena. Izan ere, 1974ko apirilaren 25ean Krabelinen Iraultza izan zenean amaitu baitzen diktadura. 1988an sute handi batek Chiado auzoa erre zuen.

1994an Europako kultura hiriburua izan zen. 1998ko maiatzetik urria arte Erakusketa Unibertsala (Expo 98) bertan antolatu zuten. 2004ko Europako Futbol Txapelketan egoitza nagusietakoa izan zen. 2007ko abenduaren 13an Lisboako Ituna bertan sinatu zuen Europar Batasunak.