Bajo la protección de la Taifa de Niebla, algunos grupos musulmanes se asentaron en esta zona, si bien el origen de la población actual hay que situarlo a mediados del siglo XIII, con la conquista de Sancho II de Portugal y la construcción de una fortaleza. Siendo tierras de realengo, pronto pasarán al señorío de Gibraleón. Más tarde, ya en manos de los Pérez de Guzmán, se le concede el título de villa, merced otorgada por Isabel Guzmán de Ledesma.

A mediados del siglo XVII, Sanlúcar de Guadiana se hace cargo del abastecimiento de la tropa española acuartelada en la frontera con Portugal, debido a la Guerra de la Independencia de este país. Es entonces cuando se construye el baluarte de San Gerónimo, en 1642, si bien el castillo de San Marcos continuará en el mismo estado del siglo anterior (ver más adelante), por lo que no puede evitar su toma por las tropas portuguesas al final del conflicto.

A lo largo de su historia la villa ha sufrido inundaciones debidas al desbordamiento del río Guadiana. La más devastadora tuvo lugar en 1823 en que casi la mitad de las casas fue destruida. Otra tuvo lugar en diciembre de 1875.

Sin embargo, su situación también le ha traído beneficios. Paso obligado en rutas comerciales, en el siglo XIX se convirtió en un centro desde el que se exportaba madera, plomo y jabón.