Las cuevas de Jentilechea II, Langacho e Iruroin dan testimonio, mediante los hallazgos en ellas realizados de la ocupación de estas tierras en períodos prehistóricos que se remontan al Paleolítico superior.

La villa de Motrico se funda en 1209 por el rey castellano Alfonso VIII que le otorgó carta puebla y la posibilidad de amurallar la urbe (hay aún algún resto de murallas).

El casco medieval se desarrolló y se construyeron importantes palacios y casas torre pertenecientes a las familias aristocráticas y algunas otras cuyas riquezas venían del comercio marítimo o de servir como marinos en la Armada. En 1553 un incendio destruyó gran parte de la villa salvándose algunas casas de piedra y perdiéndose todas la de madera.

Previamente, tras el levantamiento del conde de Salvatierra en 1520, durante la Guerra de las Comunidades, Motrico se situó en el bando comunero,[1]​ venciendo el ejército realista la resistencia de Motrico y de otras localidades comuneras vascas tras la derrota del ejército del conde de Salvatierra, Pedro López de Ayala, en la batalla de Miñano Mayor el 19 de abril de 1521.

Tanto desde Motrico, como seguramente desde otras ciudades portuarias del País Vasco, salían cada año naos hacia Terranova (actual Canadá) para dedicarse a la pesca de la ballena y el bacalao. El cronista Lope Martínez de Isasti describe así Motrico a principios del siglo XVII:

En el siglo XIX, siendo alcalde Cosme Damián Churruca, Motrico conoce una revolución urbana en la que se abren dos plazas situadas a los extremos del núcleo urbano. Una de ellas se construye en el lugar donde estaba la antigua iglesia que, debido a su estado ruinoso, se demuele. La otra, en el otro extremo, se forma con la construcción de la nueva iglesia de estilo neoclásico conformando la plaza con el ayuntamiento. En esta plaza se ubica una estatua de Cosme Damián Churruca realizado en mármol de Carrara erigido por orden de la Juntas Generales de Guipúzcoa en 1865. Este monumento fue dañado, se le rompió el dedo con el que señala el horizonte, en el año 2008. Cinco años después se restaura por suscripción popular.[4]​

A finales de ese siglo Evaristo de Churruca, primer Conde de Motrico, diseña los muelles de cobijo del puerto que a mediados del siglo XX debe de ser modificado por Ramón Iribarren Cavanilles para subsanar los problemas de oleaje dentro de la dársena. A finales del siglo XX la evolución negativa del sector pesquero hace que surjan iniciativas turísticas como alternativa económica. Para solventar los problemas de la entrada a puerto y de estabilidad en la dársena se proyecta y construye un nuevo dique de abrigo, esta vez exterior. Se aprovecha la obra para instalar en el mismo una central undimotriz, la central undimotriz de Motrico, primera central comercial de estas características.

Hasta bien entrados los primeros decenios del siglo XX, en el monte Arno hacían los carboneros carbón de leña, utilizado especialmente en las fraguas de los herreros. A los niños se les asustaba con los sacamantecas, refiriéndose a estos carboneros.

De Motrico eran la mayor parte de los integrantes de las bandas de rock Itoiz y Delirium Tremens.

El siglo XXI llega a Motrico con una relevante reforma urbanística y mejora de accesos. Se realiza una modificación urbanística muy profunda en la parte circundante a la iglesia facilitando el cruce entre la carretera Deva-Ondárroa y la que va hacia Mendaro por el Calvario y el acceso al núcleo urbano mediante una rotonda. Se construye un acceso directo al puerto para el tráfico rodado.