Ea nació en el siglo XVI, cuando pescadores de Ereño, Natxitua y Bedarona se juntan para crear un asentamiento en el puerto natural que el río crea. Hasta el siglos XIX no tuvo la característica de municipalidad. El río Ea dividía el pueblo en dos partes: una parte pertenecía a la anteiglesia de Bedarona y la otra a la de Natxitua. Por esto, Ea poseía dos iglesias parroquiales, cada una en un lado de la ría y unidas por un único puente. Además de ese puente, hasta tres puentes más unen los dos lados del pueblo.

En el siglo XIX, debido a la importancia que adquirió el puerto de Ea, se unió a los barrios de Bedarona y Natxitua y se estableció la municipalidad en el puerto. El pueblo creado pasó a llamarse simplemente Ea.

En cuanto a los primeros habitantes, la huella arqueológica más antigua encontrada, una estela de forma humana, data del siglo I después de Cristo. Fue encontrada en Natxitua y se trata de un vestigio singular en la arquitectura de Vizcaya. En la parte frontal, tiene una imagen con forma humana, y en la posterior, una cruz con forma de aspa. Se la fechó en la edad de los Flavios, en el siglo I d.C., y según los expertos es una obra creada por los lugareños, a pesar de que tenga una notoria influencia romana. Hoy en día no hay apenas información de los núcleos urbanos durante la Edad Media. Sin embargo, se sabe que la parroquia de Natxitua estaba situada en Ibarrangelua, y que se separó en el siglo XV. Según un documento de 1325, parece ser que Bedarona era parte de la anteiglesia de Lequeitio, antes de dársele la Carta Puebla.

En los siglos XIV y XV, el pueblo fue testigo de las sangrientas peleas entre los oñacinos y los gamboínos. Las peleas se sucedieron en toda Vizcaya, y Ea se dividió en dos partes: Bedarona se posicionó a favor de Adán de Yarza (señor de Zubieta) y pelearon en el bando de los oñacinos; Natxitua, por el contrario, hizo lo propio con los gamboínos, y peleó bajo la protección de las familias de Adán de Yara y Arteaga. Como reflejo de esas batallas tenemos las torres de defensa que se construyeron en 1492.

En cuanto a Ea, puede darse el caso de que fuera un asentamiento para desarrollar la pesca o actividades similares. No obstante, el pueblo lo crearon pescadores de las anteiglesias de Ereño, Bedarona y Natxitua en el siglo XVI. El nuevo pueblo fue construido en un arco abrupto en la orilla por encima del mar, y los límites fueron establecidos en los montes de Natxitua y Apikale, poniendo a Ea en el extremo, al lado de las anteiglesias de Ereño y Natxitua. A pesar de que no se conozca la fecha exacta, se sabe que en la segunda mitad del siglo XVII la competencia que poseía Ereño fue trasladada a la anteiglesia de Bedarona.

Más tarde, se creó un medio de comunicación entre Gernika y Lequeitio, y se empezó a trabajar en tierras más aprovechables. Además, la paz se impuso en el señorío. La mejoría general de la situación trajo como resultado el crecimiento económico y demográfico de Natxitua y Bedarona, y poco a poco los pueblos fueron desarrollándose.

El Ea de entonces tenía un barrio en cada lado del río. Uno se encontraba en la anteiglesia de Ereño y el otro en la de Natxitua, y , por lo tanto, bajo el gobierno de los regidores leales. No tenían ni voz ni voto en las Juntas Generales de Gernika. El pueblo consistía de dos parroquias; la más antigua fue construida en el año 1550, bajo el nombre de San Juan Bautista, y estaba bajo la autoridad de la Virgen María de Natxitua. Las ceremonias religiosas eran llevabas a cabo por un cura de la beneficencia, y sus superiores eran los propietarios de las casas solariegas de Zubieta y Arteaga en Lequeitio. Se encontraban en la misma jurisdicción la ermita de Virgen María de la Concepción (llamada Talako Ama), una ferrería y unos cuantos molinos. La parroquia la Virgen de Jesús, en cambio, estaba bajo la autoridad de San Miguel, en Ereño. El cura de la beneficencia mantenía la casa solar de Zubieta, los mercenarios del rey, y a el le correspondía cobrar los diezmos.

La mayoría de la población de Ea se dedicaba a la pesca. Debido a esto, tenían un puerto en el lugar que la ría desembocaba al mar, y crearon una industria de escabeche con tendederos y saladeros. En 1884 las anteiglesias de Natxitua y Bedarona se unieron y crearon lo que ha perdurado hasta hoy en día.