El Gran Pajatén fue descubierto por el juanjuino "Eduardo Peña Meza", cuando buscaba una vía de salida entre la selva y la costa, Llegó al complejo del Gran Pajatén, desde ese hallazgo comunicó a diferentes autoridades y así se supo en Juanjui, Trujillo, Lima, la existencia de esas ciudadela llamada Pajaten, en honor a este descubrimiento, el 5 de diciembre de 1932, Eduardo Peña Meza es incorporado como socio correspondiente de la Sociedad Geográfica de Lima.

En 1985, un equipo dirigido por el departamento de antropología de la Universidad de Colorado comenzó un importante proyecto de investigación en el Gran Pajatén y sus alrededores en el Parque nacional del Río Abiseo.[1]​ La expedición tuvo mucha publicidad que condujo a nuevos debates de la apertura del sitio al turismo. Una expedición televisiva peruana en 1990, despejó nuevamente la vegetación protectora del sitio y dañó más las ruinas. Actualmente, existen planes para la construcción de varias carreteras y la infraestructura turística en la región pero tampoco se han aplicado debido a la fragilidad de las ruinas, y el alto costo de la conservación del sitio y reducir al mínimo los impactos turísticos en su integridad arqueológica y el contexto ambiental.[2]​