Fue una importante ciudad hanseática en la Edad Media.

Los primeros asentamientos se asocian con la cultura de Wielbark. En el año 980, una fortaleza fue construida probablemente por Miecislao I de Polonia, conectando el reino polaco gobernado por la dinastía Piast con las rutas comerciales del mar Báltico. El primer registro escrito de esta fortaleza está documentado en la vita de Adalberto de Magdeburgo, escrita en el año 999, la cual describe los acontecimientos de 997. Esta fecha en general es considerada como la fundación de Gdansk en Polonia.

Era un centro principal del crucial comercio báltico en el siglo XVII, cuando la ciudad contaba con unos sesenta y cinco mil habitantes.[1]​ Concentraba la exportación de centeno, la principal mercancía del comercio regional, que suponía un tercio del de toda Europa por entonces.[2]​ Por entonces la ciudad exportaba cereal por valor de siete millones de florines neerlandeses e importaba unos cuatro millones en especias y productos coloniales.[1]​ Un sesenta por ciento de los barcos que llegaban a comerciar al Báltico atracaban en este puerto, al que llegaron en media mil doscientos de ellos entre 1615 y 1628.[1]​

Dánzig fue anexionado al Reino de Prusia en 1793,[3]​ tras la llamada Segunda Partición de Polonia. Un intento de revuelta estudiantil contra Prusia dirigido por Gottfried Benjamin Bartholdi fue aplastado rápidamente por las autoridades en 1797.[4]​[5]​[6]​ Durante la era de Napoleón la ciudad obtuvo la condición de Estado semiautónomo (1807-1814).

En 1815, tras la derrota de Francia en las guerras napoleónicas, de nuevo pasa a ser parte de Prusia y se convertirá en la capital de la región (Regierungsbezirk Danzig) dentro de la provincia de Prusia Occidental. El presidente que más tiempo estuvo en el cargo fue Robert von Blumenthal, quién ejerció desde 1841, durante las revoluciones de 1848, hasta 1863. Con la unificación de Alemania bajo la hegemonía prusiana, la ciudad pasaría a ser parte de la Alemania Imperial (Imperio alemán) en 1871, donde se mantuvo hasta 1919, tras de la derrota de Alemania en Primera Guerra Mundial.

Cuando Polonia recuperó su independencia tras la Primera Guerra Mundial, con acceso al mar como habían prometido los Aliados, con base en los Catorce Puntos de Woodrow Wilson (el decimotercer punto pedía "un Estado polaco independiente", "el cual tendría que tener asegurado un acceso libre y seguro al mar"), los polacos también esperaban que el puerto de la ciudad pasara a ser parte de Polonia.

Sin embargo, al final —dado que los alemanes eran mayoría en la ciudad (85%), y los polacos minoría (15%) (en el censo de 1923, 7.896 personas de 335.921 declaraban al polaco, el casubio o masurio como su lengua materna)[7]​— la ciudad no fue entregada a Polonia. En cambio, de acuerdo con los términos del Tratado de Versailles, la ciudad pasa a ser la Ciudad Libre de Dánzig (en alemán: Freie Stadt Danzig), un Estado semiautónomo bajo el auspicio de la Sociedad de las Naciones con sus relaciones exteriores en gran parte bajo control polaco, aunque sin ningún referéndum que legitimase la pérdida de la ciudad por parte de Alemania. Los derechos de Polonia también incluyeron el libre uso del puerto, una oficina de correos polaca, un cuartel polaco en el distrito de Westerplatte, y un acuerdo aduanero con Polonia. Esto condujo a una tensión considerable entre la ciudad y la Segunda República de Polonia. La Ciudad Libre tuvo su propia Constitución, himno nacional, Parlamento (Volkstag), y gobierno (Senat). Expedía sus sellos propios, así como su moneda, el gulden de Dánzig.

A principios de la década de los treinta, el Partido Nazi local aprovechó el sentimiento proalemán en la ciudad alcanzando en 1933 el 50% de votos en el Parlamento, consiguiendo después el gobierno de la ciudad, bajo el mandato del gauleiter Albert Forster, el cual era todavía en teoría supervisado por el Alto Comisariado de la Liga de Naciones. El gobierno alemán reclamó oficialmente el regreso de Dánzig a Alemania junto con una carretera a través del área del Corredor polaco para conectarla por tierra con resto de Alemania. Esta fue una de las verdaderas causas por las que Alemania invade Polonia en 1939.

La ciudad sufrió duras incursiones aéreas tanto por parte de los aliados como soviéticas. Quienes sobrevivieron y no podían escapar tuvieron que afrontar el Ejército soviético, el cual capturó la ciudad fuertemente destruida el 30 de marzo de 1945,[8]​ seguido por violaciones a gran escala[9]​ y saqueos. En la línea con las decisiones tomadas por los Aliados en las conferencias de Yalta y Potsdam, la ciudad fue anexionada por Polonia.

Al finalizar la Segunda Guerra Mundial, las tropas soviéticas destrozaron la ciudad (en un 90 %) y expulsaron a unos 120 000 habitantes alemanes de sus casas al entonces actual territorio alemán. La ciudad se repobló entonces con polacos, principalmente de las regiones del este del país que habían sido anexionadas, a su vez, por la Unión Soviética. Todos los nombres alemanes de calles, edificios, distritos, se cambiaron a nombres polacos. Así, por ejemplo, la principal calle peatonal del centro, Langemarkt, pasó a llamarse Długi Targ.

Su casco antiguo fue reconstruido por los nuevos pobladores durante los años posteriores a la guerra. Alemanes, polacos, flamencos, hebreos, escoceses y neerlandeses dejaron su huella arquitectónica, que se refleja significativamente en el casco antiguo.