Grabado de un barco en Borobudur, realizado alrededor del año 800 d. C.

Restos fosilizados de Homo erectus, popularmente conocido como el hombre de Java, sugieren que el archipiélago indonesio fue habitado desde hace dos millones de años aproximadamente.[1]​ Los austronesios, quienes constituyen la mayoría de la población contemporánea, emigraron al sudeste asiático desde el actual Taiwán. Alrededor del año 2000 a. C., llegaron a Indonesia y mientras expandían sus territorios, confinaron a los melanesios nativos a habitar las islas más orientales del archipiélago.[2]​ A principios del siglo VIII a. C., las condiciones agrícolas ideales y el perfeccionamiento de las técnicas para el cultivo de arroz permitieron el surgimiento de pequeñas aldeas, pueblos y reinos.[3]​ La posición estratégica de Indonesia fomentó el comercio interinsular e internacional. Por ejemplo, los vínculos comerciales con reinos indios y China se establecieron varios siglos a. C.,[4]​ con lo que se demuestra que el comercio ha sido parte fundamental en la historia de Indonesia.[5]​[6]​

Desde el siglo VII d. C., floreció el poderoso reino naval de Srivijaya, como resultado del comercio y las influencias del hinduismo y del budismo que se importaron con él.[7]​[8]​ Entre los siglos VIII y X, prosperaron y desaparecieron las dinastías Saliendra y Mataram, dejando grandes monumentos religiosos en la isla de Java, tales como Borobudur (Sailendra) y Prambanan (Mataram). Durante el siglo XIII, se fundó el reino hindú de Majapahit en el oriente de la isla de Java, y bajo el mando de Gajah Mada, su influencia se expandió sobre gran parte de Indonesia, dando lugar a un periodo que a menudo se conoce como la «edad de oro» de la historia de Indonesia.[9]​

 

La rendición del príncipe Diponegoro ante el general De Kock, por Nicolaas Pieneman, 1830.

Aunque los comerciantes musulmanes viajaron a través del sudeste asiático desde principios de la era islámica, los primeros vestigios de poblaciones musulmanas en Indonesia se remontan al siglo XIII en el norte de Sumatra.[10]​ Gradualmente, otras áreas indonesias adoptaron el islam, y desde finales del siglo XVI es la religión dominante en Java y Sumatra. En su mayor parte, las prácticas islámicas se encuentran superpuestas y combinadas con otras influencias culturales y religiosas que existían previamente a su llegada, que dieron forma a la corriente predominante del Islam en Indonesia, especialmente en la isla de Java.[11]​

Los primeros europeos llegaron a Indonesia en 1512, cuando los comerciantes portugueses, dirigidos por Francisco Serrão, intentaron monopolizar las fuentes de la nuez moscada, el clavo y la pimienta en las Molucas.[12]​ Posteriormente, en 1602 los holandeses establecieron la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales (VOC) y se convirtió en la potencia europea dominante en la zona. Tras la quiebra, la VOC formalmente se disolvió en 1800, el gobierno de los Países Bajos estableció las Indias Orientales Neerlandesas como una nueva colonia.[13]​

Durante la mayor parte del período colonial, el control neerlandés sobre el archipiélago fue tenue fuera de algunas islas y zonas costeras; no fue hasta principios del siglo XX cuando el dominio neerlandés se amplió a lo que posteriormente serían los límites actuales de Indonesia. Las tropas neerlandesas constantemente se dedicaban a sofocar rebeliones dentro y fuera de la isla de Java. La influencia de los dirigentes locales, tales como el príncipe Diponegoro en Java central, Imam Bonjol en Sumatra central y Pattimura en las Molucas; además de una guerra sangrienta en Aceh que duró treinta años, debilitaron a los neerlandeses y redujeron las fuerzas militares coloniales. A pesar de las profundas divisiones políticas y sociales, durante la guerra de independencia los indonesios se unieron en su lucha por la libertad.[14]​

Debido a los elevados costes monetarios de varias conquistas holandesas en el siglo XIX, en 1830 se implantó el Sistema de Cultivo («Cultuurstelsel»). En virtud de este sistema, se estipuló que los agricultores indonesios debían destinar el 20% de sus tierras de cultivo a la producción de cultivos comerciales para la exportación, como el índigo, el café y el azúcar.[15]​ A través de este sistema se obtuvieron considerables beneficios; el beneficio neto para el tesoro holandés se estima en torno al 4% del PIB holandés de la época y alrededor del 50% de los ingresos totales del Estado.

El sistema resultó desastroso para la población local; en su apogeo, más de un millón de agricultores trabajaban bajo el Cultuurstelsel y el extremo incentivo de los beneficios dio lugar a abusos generalizados. A menudo se obligaba a los agricultores a destinar más del 20% de sus tierras de cultivo, o las más fértiles, a cultivos comerciales. El sistema provocó un aumento de la hambruna y las enfermedades entre la población local. Se estima que las tasas de mortalidad aumentaron hasta un 30% durante este periodo.[16]​

Finalmente, la invasión y ocupación japonesa durante la Segunda Guerra Mundial[17]​ terminaron con el dominio neerlandés,[18]​[19]​ y alentó el movimiento de independencia indonesio previamente suprimido por los japoneses.[20]​ Dos días después de la rendición de Japón en agosto de 1945, Sukarno, un influyente líder nacionalista, declaró la independencia y fue nombrado presidente.[21]​[22]​[23]​[24]​ Los Países Bajos trataron de restablecer el control sobre el país, dando lugar a una lucha armada y diplomática que terminó en diciembre de 1949, cuando ante la presión internacional, los neerlandeses reconocieron formalmente la independencia de Indonesia[22]​[25]​ (con excepción del territorio neerlandés de Nueva Guinea Occidental, que se incorporó tras el Acuerdo de Nueva York de 1962 y el Acta de libre elección de la ONU).[26]​

 

Sukarno, primer presidente de Indonesia.

Sukarno pasó de la democracia hacia el autoritarismo y mantuvo su poder a base del constante enfrentamiento entre las fuerzas armadas y el Partido Comunista de Indonesia (PKI).[27]​ El 30 de septiembre de 1965, un intento de golpe de Estado fue contrarrestado por el ejército, quien dirigió una violenta campaña anticomunista, durante el cual se atribuyó al PKI el intento de golpe de Estado y el partido fue disuelto.[28]​[29]​[30]​ Entre 500 000 y un millón de personas fueron asesinadas durante estos enfrentamientos.[31]​[32]​ El jefe del ejército, el general Suharto, suplantó al ya debilitado Sukarno y en marzo de 1968 fue nombrado formalmente presidente. La administración del «nuevo orden»[33]​ fue apoyada por el gobierno de Estados Unidos,[34]​[35]​[36]​ y alentó a la inversión extranjera directa en el país, un factor importante para el crecimiento económico en las tres décadas posteriores. Sin embargo, el «nuevo orden» autoritario fue ampliamente acusado de corrupción y represión violenta de la oposición política.

Entre 1997 y 1998, Indonesia fue el país más duramente afectado por la crisis financiera asiática.[37]​ Esto aumentó el descontento popular con el «nuevo orden»[38]​ y las protestas populares incrementaron hasta que Suharto dimitió el 21 de mayo de 1998.[39]​ En 1999, Timor Oriental votó a favor de separarse de Indonesia, después de una ocupación militar de veinticinco años, que estuvo marcada por la condena internacional y de una brutal represión de los timorenses.[40]​[41]​ Tras la renuncia de Suharto asume el poder el vicepresidente B. Jusuf Habibie hasta la realización de las primeras elecciones presidenciales el 7 de junio de 1999 en las que Abdurrahman Wahid es elegido presidente. El 23 de julio del 2001 es obligado a dimitir, y Megawati Soekarnoputri, hija del primer presidente Sukarno y vicepresidente de Wahid, se convierte en la nueva presidente. En las siguientes elecciones realizadas el 5 de abril de 2004 resultó elegido Susilo Bambang Yudhoyono, que será presidente hasta octubre de 2014 en que es elegido Joko Widodo. La inestabilidad política y económica, la agitación social, la corrupción y el terrorismo han frenado el progreso. Aunque las relaciones entre diferentes grupos religiosos y étnicos son en gran medida armoniosas, el descontento de varias minorías y la violencia siguen siendo problemas en algunas regiones.[42]​