La cavidad fue descubierta accidentalmente durante las labores de perforación minera siendo aprovechada posteriormente para la extracción de minerales (en la visita guiada se accede únicamente a dos de las ocho galerías). Los mineros denominaban soplaos a las cavidades kársticas que cortaban en sus trabajos y que creaban fuertes corrientes de aire.[1]​ Durante su explotación, muchas familias de la zona se sustentaban con los ingresos que obtenían de esa actividad minera, compaginada con la ganadera. Tras décadas de abandono, la espeleología, y en concreto el «Speleo Club Cántabro», S.C.C., desde el año 1975,[2]​ descubrió su auténtico valor geológico.

El 1 de julio de 2005 el Gobierno de Cantabria la abrió al público[3]​ después de acondicionar su interior y alrededores para el turismo. Se llega a la entrada de la cueva en un tren minero y el recorrido comienza en una antigua galería de la mina.

El sitio está propuesto como «Lugar de interés geológico español de relevancia internacional» (Global Geosite) por el Instituto Geológico y Minero de España, con la denominación «UR004: Yacimiento de Zn-Pb de La Florida y Cueva del Soplao» , dentro del contexto geológico «Mineralizaciones de Zn-Pb y Fe del Urgoniano de la cuenca vasco-cantábrica».[4]​[1]​