Época Inca (1438-1534)

Fue un centro tanto cultural como religioso para la región. Presumiblemente esta ciudadela fue usada como un garita de control para asegurar el acceso a las áreas de Vilcabamba, que conectaba la selva con otros centros importantes como Písac y Machu Picchu. También se estima que la ciudadela jugó un importante papel sirviendo como nexo entre la selva amazónica y la ciudad imperial del Cusco.

Época de transición (1534-1572)

Choquequirao es considerada uno de los últimos bastiones de resistencia y refugio de los Incas, quienes por órdenes de Manco Inca, abandonaron la ciudad de Cusco para resguardarse en las ciudades de la región de Vilcabamba, cuando alrededor del año 1535 Cusco se encontraba sitiado por los españoles. Fue en este lugar (y en general en todo el valle de Vilcabamba) donde Manco y los demás Incas de Vilcabamba resistieron el embate de los españoles, hasta la captura y ejecución de Túpac Amaru I en 1572.

Referencias en la época colonial

El primer explorador que da noticias de una ciudadela llamada "Chuquiquirau" fue el explorador español Juan Arias Díaz Topete en el año de 1710. La primera referencia escrita de Choquequirao data del año de 1768 y su autor fue Cosme Bueno, sin embargo la documentación fue puesta de lado y echada al olvido por las autoridades y el público en general. En 1790, Pablo José Origaín menciona en su "Compendio de Noticias Geográficas del Cuzco" una ciudad despoblada desde la antigüedad con el nombre de Choqequirau.[1]​

Redescubrimiento y restauración  El expresidente de la República Pedro Pablo Kuczynski visitando la zona donde se construirá el teleférico de Choquequirao para impulsar el turismo nacional e internacional.

En 1834, José María Tejada (prefecto del Cusco) viaja a la ciudadela atraído por las leyendas sobre tesoros en Vilcabamba; así mismo en 1837, Leonce Angrand cartografió el lugar por primera vez, pero sus mapas fueron también puestos al olvido. No fue hasta 1909, año en que el arqueólogo Hiram Bingham y el topógrafo Clarence Hay (ambos norteamericanos) visitaron Choquequirao y elaboraron una descripción minuciosa del sitio, que la ciudadela adquirió mayor atención por parte de los arqueólogos, el gobierno y los turistas.[2]​ Las primeras excavaciones comenzaron varias décadas después de la visita de Bingham, alrededor de 1970; así mismo en 1986 se hacen estudios intensivos y un plan de restauración del sitio. Actualmente, se calcula que solo un 30% del complejo, que comprende unas 1810 hectáreas, ha sido desenterrado y puesto en funcionamiento como zona turística; se preveía la finalización de la restauración para el 2011, tardando aún más el estudio y comprensión de su legado histórico.

↑ Luis Lumbreras, Choquequirau: Cronología ↑ Choqequirau: santuario histórico y ecológico, Cronología