En el año 1542, mientras realizaba una travesía desde el océano Atlántico hasta Asunción del Paraguay, el adelantado español Álvar Núñez Cabeza de Vaca divisó las sorprendentes cataratas del río Iguazú y las bautizó como «saltos de Santa María». El primer europeo en divisar estas cataratas fue el náufrago de la expedición de Juan Díaz de Solís, Alejo García, en 1524, cuando cruzó por esa región en busca de la sierra de la plata. El nombre de « Saltos de Santa María », con el tiempo fue reemplazado por su antigua denominación guaraní Iguazú (antigua ortografía de Iguazú 'gran cantidad de agua', y guazú 'grande').

Por entonces la región era habitada por indígenas de la etnia mbyá-guaraní, quienes alrededor de 1609 comenzaron a vivir el proceso evangelizador protagonizado por los sacerdotes de la Compañía de Jesús, llamados jesuitas, quienes desarrollaron exitosamente en esta región de Latinoamérica un sistema de reducciones que llegó a contar con 30 pueblos distribuidos en las regiones del Tapé y La Guayrá (ubicados actualmente en el sur de Brasil, Paraguay y en Argentina, en toda la provincia argentina de Misiones y el norte de Corrientes). Fueron las misiones jesuíticas guaraníes.

Por diferencias políticas y económicas con la corona de España los jesuitas fueron expulsados en 1768.

La zona de las cataratas volvió a cobrar un nuevo impulso hacia junio de 1881 —poco antes de la federalización de Misiones—, momento en que la provincia de Corrientes, que ejercía la jurisdicción, vendió 50 leguas cuadradas de tierras sobre los ríos Paraná, Iguazú y Uruguay a Severo Fernández y Ernesto Arnadey. Estos transfirieron sus derechos, en octubre de ese mismo año, a Rafael Gallino, quien volvió a enajenarlos a favor de Gregorio Lezama.

En diciembre de 1881 Misiones se separó de Corrientes y en 1882 asumió el primer gobernador, Rudecindo Roca, quien dividió el territorio en cinco departamentos. Uno de sus comandantes, Francisco Cruz, llegó hasta la confluencia de los ríos Paraná e Iguazú llevando con él a una comisión científica alemana que buscaba tierras para colonizar. Esta expedición era costeada por Ledesma (propietario de las tierras de Iguazú) y dirigida por el explorador Carlos Bossetti. Entre los expedicionarios se encontraba también Jordan Hummell, que años más tarde organizó el primer viaje de turismo a las cataratas del Iguazú. Así, las cataratas son “descubiertas” nuevamente y volvieron a ser admiradas.

En 1888, Gregorio Lezama vendió las «tierras del Iguazú» a Martín Erracaborde Cía.

En 1902, el Ministerio del Interior de Argentina encomendó al arquitecto paisajista Carlos Thays realizar un estudio de las cataratas, que fue la base para la creación del parque nacional Iguazú, en 1934, que posee 67 620 hectáreas de selva misionera.[1]​

El 20 de septiembre de 1895, el gobernador Balestra dividió la provincia en 14 departamentos. El departamento Iguazú pasó a integrar el departamento Frontera junto a Manuel Belgrano, Eldorado y parte de San Pedro.

El 19 de julio de 1897, se designó juez de paz de la incipiente población de Iguazú a Alberto Múgica. Para entonces, Jordan Hummell, acompañado de los señores Núñez y Gibaja, ya había realizado una nueva incursión hasta las cataratas del Iguazú, pero por el lado brasileño, ya que del lado argentino la selva era impenetrable. De ese viaje llevaron al gobierno su interés en promover la llegada de turistas.

Una de las varias leyendas cuenta de la existencia de una serpiente gigante, "Mbói", la cual vivía en el interior del río. Para aplacar su ferocidad, los aborígenes sacrificaban a una dama una vez por año, arrojándola a las aguas como ofrenda para la bestia. En una de esas ocasiones un valiente guaraní raptó a la doncella elegida, para salvarla del tradicional rito, escapando con ella en canoa por el río.

Al enterarse de la osadía, Mbói entró en cólera y encorvando su lomo partió el curso del río, creando así las cataratas y separando de este modo a ambos indígenas.