En 1294, Madoc ap Llywelyn, primo de Llywelyn ap Gruffydd, comenzó un levantamiento contra el gobierno inglés que se extendió rápidamente por Gales. Muchas ciudades que estaban en poder de los ingleses fueron arrasadas y el castillo de Harlech, junto con los de Criccieth y Aberystwyth, fue sitiado ese invierno. El "camino desde el mar" ayudó a los defensores a sobrevivir hasta que se abandonó el asedio la primavera siguiente.

En 1404, el castillo cayó en manos de Owain Glyndwr tras un largo asedio cuando el hambre redujo a los guardianes a sólo 21 hombres, y se convirtió en residencia familiar y cuartel general durante cuatro años. Celebró su segundo parlamento en Harlech en agosto de 1405.[1]​ Cuatro años después, tras otro largo asedio de ocho meses, el castillo de Harlech fue recuperado por el príncipe Enrique (posteriormente Enrique V de Inglaterra) y una fuerza de 1000 hombres bajo dirección de John Talbot, durante el asedio Edmund Martimer murió de hambre y la mujer de Glyndŵr (Margaret Hanmer), dos de sus hijas y cuatro nietos fueron capturados, para ser aprisionados y morir.

Durante la Guerra de las Dos Rosas, en la primera parte del reinado de Eduardo IV de Inglaterra, el castillo de Harlech fue ocupado por su condestable galés Dafydd ap Ieuan como bastión de la casa de Lancaster. Tras la batalla de Northampton, Margarita de Anjou y el infante Enrique VII de Inglaterra fueron a Escocia vía Harlech. Tras la derrota de los seguidores de la casa de Lancaster en la batalla de Towton, Eduardo controló al país y Harlech se convirtió en el mayor bastión bajo su poder. Richard Tunstall llegó como refuerzo para la casa de Lancaster en la segunda mitad del sitio en 1465. En 1468, fue la última de las fortalezas de los Lancaster en rendirse; además resistió un asedio de siete años gracias a que era reabastecida por mar. Es el asedio más largo conocido en la historia de las islas británicas.[2]​ Este asedio inspiró la canción "Hombres de Harlech" (Men of Harlech), según la tradición.[3]​

Durante la Revolución inglesa el castillo fue la última fortaleza de la causa real en aguantar a las fuerzas de los parlamentaristas. La rendición, el 16 de marzo de 1647, un año después de que el rey Carlos fuera capturado, marcó el final de la primera fase de la guerra.