La ciudad de Bergen fue fundada en 1070 por el rey Olav Kyrre. Bergen celebró su 900.º aniversario en 1970. Era considerada la capital de Noruega en el siglo XIII, hasta 1299.

Bergen adquirió importancia gracias al comercio del bacalao seco de la costa norte del país, que empezó alrededor del año 1100. Los mercaderes frisios y germanos de la Liga Hanseática se instalaron en Bryggen, un barrio exclusivo de la ciudad, en el cual hablaban sus lenguas de origen: el frisio y el bajo alemán, y disfrutaban de derechos exclusivos de comercio con los pescadores norteños que cada verano navegaban con dirección a Bergen. Los kontores de la Liga Hanseática se establecieron en Bryggen desde 1360. Hay que señalar que la existencia de un kontor en una ciudad no es en absoluto sinónimo de pertenencia a la Liga Hanseática.

En 1349 llegó la Peste Negra, introducida en Noruega por la tripulación de un barco inglés que atracó en Bergen. Durante el siglo XV la ciudad fue atacada varias veces por los piratas, y en 1429 lograron quemar el castillo real y gran parte de la ciudad. En 1536, el rey fue capaz de obligar a los mercaderes frisios y alemanes a convertirse en ciudadanos noruegos, o en caso contrario deberían volver a sus países, punto a partir del cual empezó a declinar la influencia germánica en la ciudad. En 1665, el puerto de la ciudad fue escenario de la sangrienta batalla de Vågen, entre barcos ingleses en un lado y barcos neerlandeses con el apoyo del gobierno de la ciudad en el otro. Durante los siglos XV y XVI, Bergen permaneció como la mayor ciudad de Noruega, y lo continuó siendo hasta 1850, fecha en la que fue superada por Oslo. Bergen mantuvo su monopolio en el comercio con el norte de Noruega hasta 1789.

En 1916 parte de la ciudad fue destruida por un devastador incendio, el último de tantos a lo largo de su historia. Durante la Segunda Guerra Mundial la ciudad fue ocupada en el primer día de la invasión alemana del 9 de abril de 1940, tras una breve lucha entre los barcos alemanes y la artillería costera noruega. El 20 de abril de 1944, durante la ocupación alemana, un carguero neerlandés, anclado junto a la fortaleza Bergenhus y cargado con 120 toneladas de explosivos, estalló, matando al menos a 150 personas y causando importantes daños materiales en edificios históricos. También sufrió el bombardeo de las fuerzas aliadas, con el objetivo de dañar las instalaciones navales alemanas del puerto. Estos acontecimientos causaron alrededor de 100 muertes.

En 1972, Bergen absorbió los municipios vecinos (Arna, Fana, Laksevåg y Åsane), aboliéndose su estatus de provincia y adquiriendo sus actuales límites.