Después de que el antiguo ayuntamiento fuera destruido en el gran incendio de 1842, se tardaron 55 años en construir uno nuevo. El edificio actual fue diseñado por un grupo de siete arquitectos, dirigido por Martin Haller. La construcción comenzó en 1886 y el nuevo ayuntamiento se inauguró en 1897. Su coste fue de 11 millones de marcos de oro alemanes, unos 80 millones de euros.[1]​ El 26 de octubre de 1897, en la ceremonia de inauguración, el alcalde Johannes Versmann recibió la llave del ayuntamiento.[2]​

Después de la Segunda Guerra Mundial, varios jefes de Estado visitaron Hamburgo y su Ayuntamiento, entre ellos el Emperador Haile Selassie I, el Shahanshah Mohammad Reza Pahlevi en 1955, y la Reina Isabel II en 1965. Se celebró una ceremonia de recuerdo en la plaza del mercado por las víctimas de la inudación del mar del Norte de 1962. Un momento más feliz fue la celebración del campeonato de fútbol logrado por el Hamburger SV.[3]​

En 1971 se descubrió accidentalmente una habitación en la torre durante la búsqueda de un documento que se había caído tras un archivador, por lo que hay probabilidad de que haya más de las 647 habitaciones que se cuentan en la actualidad.[4]​