El Arq fue construido sobre los restos de estructuras anteriores, dejando una capa de unos veinte metros de profundidad bajo la construcción que encontramos hoy en día.

La primera referencia conocida del Arq está contenida en la "Historia de Bujará" de Narshakhi Abubakra (899-960). Abubakra escribió, "Biden, el gobernante de Bujará, construyó este fuerte, pero pronto fue destruido, muchas veces fue reconstruido, destruido varias veces". Abubakra dice que cuando el último gobernante pidió consejo a sus hombres sabios, le sugirieron que construyera la fortaleza alrededor de siete puntos, que están en la misma relación que las estrellas de la constelación de la Osa Mayor. Así construida, la fortaleza nunca más fue destruida.[1]​

La edad del Arq no se ha establecido con precisión, pero a partir de 500 d. C. ya era la residencia de los gobernantes locales. En la fortaleza de la ciudadela, vivían los emires, los líderes militares y muchos sirvientes.

Cuando los soldados de Gengis Kan tomaron Bujará, los habitantes de la ciudad se refugiaron en el Arq, pero los conquistadores reventaron las defensas y saquearon la fortaleza.

Durante la Edad Media, en la fortaleza trabajaron Rudakí, Ferdousí, Avicena, Al-Farabi y más tarde Omar Jayam. También se encontraba una gran biblioteca, sobre la cual Avicena escribió:

Lo más probable es que la biblioteca fuera destruida años más tarde durante una de las conquistas de Bujará.

Durante la Guerra Civil Rusa, el Arq fue dañado en gran medida por las tropas del Ejército Rojo bajo el mando de Mijaíl Frunze durante la Batalla de Bujará en 1920. Frunze ordenó bombardear el Arq desde el aire, lo que destruyó una gran parte de la estructura. También se dice que el último emir, Alim Khan (1880-1944), que huyó a Afganistán con el tesoro real, ordenó volar el Arq para impedir que los bolcheviques profanaran sus lugares más secretos[cita requerida].