Gur-e Amir significa en persa 'tumba del Rey'. Este complejo arquitectónico, coronado por una cúpula bulbosa de color azul celeste, contiene las tumbas de Tamerlán, de sus hijos Shahruj y Miran Shah, de su nieto Ulugh Beg (r. 1447-1449) y del sultán Muhammad (r. 1405-1407). Mir Said Baraka, maestro de Tamerlán, también descansa en el mausoleo.

La parte más antigua del complejo fue construida a finales del siglo XIV por orden del sultán Muhammad. Ya solo quedan los cimientos de la madrasa y la khanaka, la entrada al portal y parte de uno de los cuatro minaretes.

La construcción del mausoleo comenzó en 1403, tras la muerte repentina del sultán Muhamad, el heredero y nieto predilecto de Tamerlán. Timur había construido para sí mismo una pequeña tumba en Shakhrisyabz cerca de su palacio de Ak-Saray. Sin embargo, cuando Timur murió en 1405 al comenzar la campaña para conquistar China, los caminos hacia Shakhrisyabz estaban inundados, por lo que se decidió que fuese incinerado. Ulugh Beg, otro nieto de Tamerlán, completó su trabajo. Durante su reinado el mausoleo se convirtió en la cripta familiar de la dinastía timúrida.