Η Σαμοθράκη είχε μεγάλο θρησκευτικό ενδιαφέρον λόγω των Καβειρίων Μυστηρίων. Τα μυστήρια τελούνταν στο χώρο του Ιερού των Μεγάλων Θεών, που αποτελεί τώρα τον σημαντικότερο αρχαιολογικό τόπο στο νησί.

Λέγεται πως στα Καβείρια Μυστήρια συναντήθηκαν για πρώτη φορά οι γονείς του Μεγάλου Αλεξάνδρου, ο Φίλιππος Β' και η Ολυμπιάδα, και πως στο νησί πραγματοποιήθηκε η σύλληψη του μεγάλου στρατηλάτη. Στα Καβείρια Μυστήρια μπορούσαν να πάρουν μέρος ελεύθεροι πολίτες, αλλά και δούλοι – σε αντίθεση με τα Ελευσίνια Μυστήρια, όπου απαγορευόταν η συμμετοχή των δούλων.

 

 

 

 

Η Σαμοθράκη κατοικήθηκε για πρώτη φορά από τους Πελασγούς και αργότερα από τους Θράκες. Ο Διόδωρος ο Σικελιώτης αναφέρει ως πρώτο έποικο του νησιού τον Βούτη, γιο του θεού του βορείου ανέμου Βορέα.[1] Η αρχαία πόλη, η Παλαιόπολη, βρίσκεται στα βόρεια του νησιού, ενώ παραμένουν τα επιβλητικά αρχαία τείχη της, χτισμένα σε κυκλώπειο ύφος. Στα τέλη του 8ου αιώνα π.Χ. το νησί αποικίστηκε από Έλληνες της Σάμου. Καταλήφθηκε από τους Πέρσες το 508 π.Χ., αλλά αργότερα βρέθηκε υπό τον έλεγχο της Αθήνας. Στη συνέχεια και μέχρι το 168 π.Χ. βρισκόταν κάτω από μακεδονική κυριαρχία.

Κατά τη ρωμαϊκή, και ιδιαίτερα την αυτοκρατορική περίοδο, χάρη στο ενδιαφέρον των Ρωμαίων αυτοκρατόρων και τον σεβασμό τους προς τους Μεγάλους Θεούς, η ακτινοβολία της Σαμοθράκης είχε πια ξεπεράσει τα σύνορα του ελλαδικού χώρου και έγινε διεθνές θρησκευτικό κέντρο, όπου συνέρρεαν πλήθη προσκυνητών (αξιωματούχων και απλών πολιτών) απ' όλο τον ρωμαϊκό κόσμο. Εκτός από το ιερό της Σαμοθράκης, στη μεγάλη ανάπτυξή της είχαν συμβάλει επίσης τα δυο λιμάνια που διέθετε η πόλη, και τα οποία αποτελούσαν έναν από τους κυριότερους σταθμούς για τα πλοία που χρησιμοποιούσαν τον θαλάσσιο δρόμο Τρωάδας-Μακεδονίας, ενώ πρόσφεραν παράλληλα στους κατοίκους της τις απαραίτητες προϋποθέσεις για την ανάπτυξη αξιόλογης εμπορικής δραστηριότητας. Επιπλέον, η Σαμοθράκη είχε το μεγάλο προνόμιο, όπως και η Θάσος, να εκμεταλλεύεται τις φυσικές πηγές πλούτου όχι μόνο του νησιού, αλλά και της περαίας της (της ηπείρου ή ιεράς χώρας των Μεγάλων Θεών), όπου μάλιστα από την πρώιμη αρχαιότητα είχε ιδρύσει μια σειρά οικισμών που λειτούργησαν ταυτόχρονα ως αγροτικοί και εμπορικοί σταθμοί («εμπόρια»), όπως ήταν η Δρυς, τα Τέμπυρα, η Σάλη και το Χαράκωμα. Κατά τους πρώτους αιώνες της ρωμαϊκής κυριαρχίας, η Σαμοθράκη είχε κηρυχθεί ελεύθερη πόλη (civitas libera), αλλά έχασε ορισμένες κτήσεις της στην περαία. Ωστόσο, κατά την αυτοκρατορική περίοδο –ίσως από το 46 μ.Χ., που η Θράκη μετατράπηκε σε ρωμαϊκή επαρχία– οι Ρωμαίοι αναγνώρισαν τις παλιές κτήσεις της στη σαμοθρακική περαία, όπως μαρτυρούν οροθετικές επιγραφές του 1ου μ.Χ. αιώνα[2].

Οι Βυζαντινοί ήταν οι επόμενοι κυρίαρχοι του νησιού, μέχρι το 1204. Στο νησί εξορίστηκε, κατά τη διάρκεια της εικονομαχίας, και πέθανε ο χρονογράφος και άγιος της Ορθοδόξου Εκκλησίας Θεοφάνης ο ομολογητής (760-817 μ.Χ.). Αργότερα ήρθαν ως κυρίαρχοι οι Ενετοί και μετά η γενουάτικη οικογένεια των Γκατιλούζι (εξελ. Γατελούζοι) το 1355. Τα γενουάτικα οχυρά παραμένουν, μάλιστα ο Πύργος των Γκατιλούζι αποτελεί ένα ακόμη πολύ σημαντικό μνημείο.

Η Οθωμανική Αυτοκρατορία κατέκτησε τη Σαμοθράκη το 1457 και όταν ο κάτοικοι του νησιού επαναστάτησαν το 1821, οι Τούρκοι σκότωσαν το μεγαλύτερο μέρος του ελληνικού πληθυσμού (Ολοκαύτωμα της Σαμοθράκης) την 1η Σεπτεμβρίου 1821, όταν 1.500 Έλληνες πουλήθηκαν ως σκλάβοι στα παζάρια της Ανατολής[1] Το νησί απελευθερώθηκε οριστικά μετά τους Βαλκανικούς Πολέμους το 1913, αν και πέρασε ένα μικρό διάστημα υπό βουλγαρική κατοχή κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου.