Το μοναστήρι ιδρύθηκε το 1083 από τον Πρίγκιπα Γρηγόριος Πακουριανό, εξέχοντα πολιτικό και στρατιωτικό διοικητή στην υπηρεσία των Βυζαντινών, ως Βυζαντινό Ιβηριανό (το θέμα της Ιβηρίας περιελάμβανε αρκετά εδάφη της Γεωργίας και της Αρμενίας) Ορθόδοξο μοναστήρι, που ίδρυσε εκεί επίσης μια σχολή για νέους. Το πρόγραμμα σπουδών περιελάμβανε κατά πρώτο λόγο θρησκευτικά, αλλά επίσης και μαθηματικά, ιστορία και μουσική. Το 13ο αιώνα οι Βυζαντινοί Ιβηριανοί Μοναχοί έχασαν την κυριότητα του Μοναστηριού , αλλά οι παραδόσεις τους διατηρήθηκαν μέχρι τις αρχές του 14ου αιώνα και σώζεται μέχρι σήμερα ένα Αρμενικό Ευαγγέλιο του 10ου αιώνα. Κατά την περίοδο της Δεύτερης Βουλγαρικής Αυτοκρατορίας το Μοναστήρι τέθηκε υπό την προστασία του Τσάρου Ιβάν Αλεξάνταρ, όπως αποδεικνύεται από μια εικόνα του στις αψίδες του νάρθηκα του οστεοφυλακίου. Πιστεύεται ότι ο ιδρυτής της Φιλολογικής Σχολής του Τάρνοβο και τελευταίος πατριάρχης της μεσαιωνικής Βουλγαρικής Ορθόδοξης Εκκλησίας Πατριάρχης Ευθύμιος εξορίσθηκε από τους Τούρκους και εργάσθηκε στη σχολή του μοναστηριού στις αρχές του 15ου αιώνα.

Αν και το μοναστήρι επέζησε των πρώτων κυμάτων της Τουρκικής εισβολής στα Βουλγαρικά εδάφη, αργότερα λεηλατήθηκε και καταστράφηκε αλλά ανακαινίστηκε προς το τέλος του 15ου αιώνα. Η τραπεζαρία, της οποίας οι τοιχογραφίες από ανώνυμο ζωγράφο έχουν μεγάλη καλλιτεχνική αξία, ανακατασκευάσθηκε το 1601 και η Εκκλησία της Παναγίας, που σώζεται ακόμη, ολοκληρώθηκε το 1604.

Το Μοναστήρι Μπάτσκοβο είναι η τελευταία κατοικία του Πατριάρχη Ευθύμιου (1330–1404), του Έξαρχου Στέφανου Α΄(1878-1957) και του Πατριάρχη Κύριλλου (1901–1971).