Die Stadt lag ursprünglich auf einer Insel in einem großen Delta, das durch die Flüsse Abra, Mestizo und dem Govantes gebildet wurde.

Die Küstenstadt hatte einen natürlichen Hafen und war in der Vorkolonialzeit ein wichtiges Handelszentrum in Nordluzon. Es bestanden Handelsbeziehungen mit dem chinesischen Festland, Südostasien, Taiwan, Japan und Korea. Es war ein buntes Treiben im Hafen von Vigan in dieser Zeit, neben Dschunken ankerten auch die einheimischen Balangays. Wegen ihrer Lage wurde die Gegend (美岸,Hokkien (Pe̍h-ōe-jī Umschrift): bîgán, Hochchinesisch (Pinyin Umschrift): měiàn) zu Deutsch bezauberndes Ufer getauft.[1] Die bedeutendsten Produkte des Im- und Exports stellten Porzellan, Elfenbein, Seide und Bienenwachs dar. Später, als im 16. Jahrhundert die Spanier ihren Einflussbereich vom amerikanischen Kontinent aus nach Asien ausweiteten, diente Vigan als einer der wichtigeren Häfen des Kolonialreiches in Asien. Im Jahr 1572 landeten unter dem Conquistador Juan de Salcedo acht spanische Schiffe an der Küste Vigans um einen Eroberung- und Christianisierungsfeldzug einzuläuten. An Bord waren Soldaten und katholische Priester. Die Spanier erkannten die für den In- und Auslandshandel günstige Lage Vigans und bauten die Stadt nach ihrer Eroberung nach spanischem Vorbild wieder auf.

Im Zuge der britischen Invasion der Philippinen, am Ende des Siebenjährigen Krieges, kam es 1762/63 zu Aufständen in der Region. Diese wurden von Diego Silang und seiner Frau Gabriela angeführt. Ihr größter Erfolg war die Einnahme von Vigan im Jahr 1763.

Das Delta der drei Flüsse verlandete im 19. Jahrhundert und schnitt die Stadt vom Meer ab, was zu einem Bedeutungsverlust für Vigan im Binnenhandel führte.

Während der spanischen Kolonialherrschaft wurde die Stadt zur Ehrung des Sohnes von Philipp II. in Villa Fernandina umbenannt. Als die Stadt während der Kolonialzeit an Größe gewann, wurde sie der Sitz der Erzdiözese Nueva Segovia und in Ciudad Fernandina de Vigan, Stadt Ferdinands von Vigan umbenannt.[1]