Nach der Überlieferung wurde die Zahnreliquie des Buddha nach der muslimischen Invasion Indiens im 13. Jahrhundert aus dem großen buddhistischen Tempel in Nalanda zu ihrer Sicherung nach Tibet gebracht. Dort wurde sie in den folgenden sechs Jahrhunderten im Sakya-Namgyal-Kloster aufbewahrt. Das Kloster wurde während der chinesischen Kulturrevolution 1968 zerstört. Ein tibetischer Lama, Kunga Dorje Rinpoche, nahm die Reliquie an sich und floh mit ihr nach Indien. Dort bewahrte er die Reliquie dreißig Jahre bei sich auf. Seinen Plan, in Indien einen Tempel zur Aufbewahrung der Reliquie zu errichten, konnte er jedoch nicht verwirklichen.[1]

Im Jahr 1998 reiste der buddhistische Mönch und Lehrer Hsing Yun nach Bodh Gaya in Indien. Hsing Yun ist der Gründer des internationalen buddhistischen Ordens Fo Guang Shan, der seinen Sitz in Taiwan hat.[2] Er traf mit Kunga Dorje Rinpoche zusammen und dieser fand Gefallen an den Bemühungen von Fo Guang Shan zur Förderung des Austauschs zwischen verschiedenen buddhistischen Traditionen. Er hoffte, dass die Reliquie in Taiwan als Symbol für den Erhalt des Dharma dienen könnte. Der Rinpoche übergab die Reliquie Hsing Yun, damit dieser in Taiwan einen Schrein zu ihrer Aufbewahrung errichte. Die Echtheit der Reliquie wurde durch die Zeugnisse von zwölf weiteren Rinpoches bestätigt.[1]

Der Bau des Schreins und zugehörigen Museums wurde durch Hsing Yun wie folgt begründet: „Der Buddha braucht keine Anbetung oder Ehrfurcht durch irgend jemanden, es sind Lebewesen, die Inspiration brauchen, um ganzheitliche Gedanken zu entwickeln und ihre Gedanken zu reinigen. Indem sie ein Denkmal verehren, können die Menschen den Dharmakörper des Buddhas erfahren, und ihre Gefühle der Bewunderung können in den Wunsch münden, die Tugenden des Buddhas zu lernen und sie im Alltag zu praktizieren. Der Buddha benötigt kein Denkmal, aber Lebewesen benötigen eines.“[3]

Hsing Yun fand nahe dem Hauptsitz von Fo Guang Shan in Kaohsiung ein geeignetes Stück Land für die Errichtung des Buddha-Museums. Der Grundstein wurde im Jahr 2003 gelegt und das Museum 2011 eröffnet.[1]