Mönche des Augustinerordens gründeten im Jahr 1593 im ca. 3 km vom Meer entfernten Ort Paoay eine Kirchengemeinde und errichteten einen ersten Kirchenbau aus Holz und Schilf bzw. Gras. Im Jahr 1686 wurde Paoay als eigenständige Pfarrei unter der Leitung des Ordens anerkannt. Die heutige, aus Backsteinen gemauerte und von einem offenen Dachstuhl bedeckte Kirche entstand in den Jahren 1693 bis 1710. Der vom eigentlichen Kirchenbau getrennt stehende Glockenturm stammt aus dem ausgehenden 18. Jahrhundert; er diente während des Katipunan-Aufstands zeitweise auch als Wachturm. Nach zwei Erdbeben in den Jahren 1865 und 1885 wurde die Kirche Ende des 19. Jahrhunderts restauriert.