Der Nordwesten der Iberischen Halbinsel gehörte zum Siedlungsgebiet der weitgehend im Dunkel der Geschichte verbliebenen Vacceos, doch wurden in der Gegend von Urueña bislang keine frühen Siedlungsspuren entdeckt. Auch von den Römern und von den Westgoten fehlen archäologisch verwertbare Zeugnisse. Im 10. und 11. Jahrhundert ließen sich die Mauren im Rahmen der Rückeroberung des Landes (reconquista) mehr und mehr in Richtung Süden abdrängen und das Gebiet wurde mit Christen aus dem Norden wiederbesiedelt (repoblación). Unter dem kastilischen König Sancho II. (reg. 1065–1072) war Urueña zeitweise Hauptort eines Herrschaftsbezirks (infantado), der faktisch von seiner Schwester Urraca regiert wurde. Knapp ein Jahrhundert später übergab König Alfons VII. (reg. 1126–1157 über Kastilien und León) das Infantado von Valladolid mit den Städten Castromonte, Medina de Rioseco und Urueña seiner Schwester Sancha Raimúndez. Nach seinem Tode wurde die leonesisch-kastilische Krone unter den beiden Söhnen erneut geteilt – Ferdinand II. erhielt León und Sancho III. erhielt das Teilreich Kastilien. Sancho III. starb jedoch kurz darauf und obwohl er einen unmündigen Sohn (Alfons VIII.) hinterlassen hatte, lag die Herrschaft über den Reichsteil Kastilien in den Händen seines Bruders Ferdinand. Nach Erreichen der Volljährigkeit führte Alfons VIII. Krieg gegen seinen Onkel, der sich kurz zuvor der Stadt Burgos im Herzen Kastiliens bemächtigt hatte, und zwang ihn zu einem Friedensvertrag. Im Jahre 1170 wurde er zum König von Kastilien ausgerufen. In diese Zeit der kastilisch-leonesischen Spannungen im ausgehenden 12. und beginnenden 13. Jahrhundert fällt der Bau der Stadtmauer von Urueña, einer in der Folgezeit eher abgelegenen Stadt, die nach der endgültigen Vereinigung der beiden Königreiche Kastilien und León im Jahre 1230 der Vergessenheit anheimfiel.

Im Jahre 1876 vernichtete ein verheerendes Feuer beinahe die Hälfte der Häuser des Ortes. Erst gegen Ende des 20. Jahrhunderts wurde sich die Gemeinde ihrer stolzen Vergangenheit und ihres kulturellen Erbes bewusst und große Anstrengungen wurden unternommen, den Ort in einen – auch für Touristen interessanten – Zustand zu versetzen. In diesem Zusammenhang sind die von privater und behördlicher Seite vorangetriebenen Initiativen zur Gründung und zum Ausbau des Ortes als „Bücherdorf“ zu sehen.