Einer Sage nach besiegte Herakles Riesen, die er ins Meer warf. Als sie zu Stein erstarrten, entstand die Insel Mykonos. Benannt wurde die Insel nach Apollos Enkel Mykonos.

In der Antike war die nur zwei Kilometer entfernte Nachbarinsel Delos ein bedeutendes kulturelles und religiöses Zentrum. Überlieferungen zufolge war es dort verboten, geboren zu werden oder zu sterben. Deshalb liegt die Vermutung nahe, dass viele Menschen zwischen den beiden Inseln hin- und herreisten. Während dieser Zeit wurde die Kultur der Insel auch durch verschiedene andere Völker und deren Traditionen beeinflusst. 1207 kam die Insel, wie die meisten Kykladen, unter die Herrschaft der Ghizzi-Dynastie. Deren letzter Herrscher, Georgios Ghizzi, übergab die Insel 100 Jahre später der Republik Venedig. 1537 wurde Mykonos, wie viele andere Kykladen-Inseln, osmanisch. Im Unabhängigkeitskrieg trug sie, sowohl finanziell als auch rüstungstechnisch gesehen, stark zur Befreiung im Jahr 1830 bei. Bis sich die Wirtschaft von diesen schwerwiegenden Ereignissen wieder erholt hatte, dauerte es einige Jahrzehnte. In den Zwischenkriegsjahren setzte der Tourismus ein, der die Insel heute noch wirtschaftlich versorgt.