Schon vor der venezianischen Herrschaft wurde das Dorf in verschiedenen Reiseberichten erwähnt. Mit der Gründung des Herzogtums Naxos im Jahre 1207 durch Marco Sanudo errichteten die Venezianer ein Feudalsystem auf Santorin. Das Agios Nikolaos Kastell (Καστέλι του Αγίου Νικολάου) auch Apanomeria (Απανωμερία) genannt, war unter den da Corogna eines von insgesamt fünf Kastellen Santorins. Am südwestlichen Dorfrand befinden sich heute der Wohnturm "Goulas" mit dem ältesten Wohngebiet.

Im Jahr 1537 eroberte Khair ad-Din Barbarossa die Ägäischen Inseln und machte sie gegenüber Sultan Selim II. tributpflichtig. Santorin blieb jedoch bis 1566 unter der Herrschaft der Familie Crispo, gelangte zwischenzeitlich an Joseph Nasi und nach dessen Tod 1579 an das Osmanische Reich.

In Karten des 16. Jahrhunderts bis ins 19. Jahrhundert wird die Siedlung als Apanomeria bezeichnet. Mitte des 17. Jahrhunderts verwendet Thevenot den Namen Castelli San Nicolas. Die Namensänderung zu Ia erfolgte in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Ende des 19. Jahrhunderts und im frühen 20. Jahrhundert erlebte Ia eine wirtschaftliche Blütezeit. Der Wohlstand basierte auf dem Seehandel im gesamten östlichen Mittelmeer, insbesondere auf dem Transithandel von Russland nach Alexandria. Im Jahr 1890 lebten etwa 2500 Menschen im Dorf, es gab rund 130 Segelschiffe, eine Werft in der Bucht von Armeni.

Das Umland produzierte großen Mengen Weine von hervorragender Qualität, auch nach Frankreich wurde exportiert. Das Aufkommen der Dampfschifffahrt und die Konzentration der Schifffahrt in Piräus führten zu einem starken Einbruch des Seehandels. Mit der zunehmenden Abwanderung besonders nach Piräus und Lavrio ging die Aufgabe der Landwirtschaft einher, im Jahr 1940 hatte das Dorf noch 1348 Einwohner.

Am 9. Juli 1956 verursachte das Seebeben bei Amorgos mit der Stärke 7,4 große Schäden. Das Epizentrum des stärksten Nachbebens (Stärke 7,2) lag unmittelbar vor der Nordostküste von Thira.[1] Nach dem Erdbeben war das Dorf erneut von starker Abwanderung bedroht, im Jahr 1977 lag die Einwohnerzahl bei nur noch 306 Menschen.

Einwohnerentwicklung von Ia[2]Name griechischer Name 1920 1928 1940 1951 1961 1971 1981 1991 2001 2011[3]Ia Οία (f. sg.) 1002 0787 0652 0449 0399 0296 0360 0439 0763 0665 Perivolos Περίβολος (m. sg.) 0247 0212 0198 0147 – – – – – – Finikia Φοινικιά (f. sg.) 0273 0332 0452 0339 0212 0103 0051 0106 0050 0222 Tholos Θόλος (m. sg.) 0038 0049 0041 0040 0038 0034 0020 0035 0064 0197 Paradisos Παράδεισος (m. sg.) – – – – – – 0004 0008 0048 0092 Ormos Ammoudiou Όρμος Αμμουδιού (m. sg.) – 0036 0010 – – – – – 0007 0023 Ormos Armenis Όρμος Αρμένης (m. sg.) – – – – – – – 0001 0007 0004 Gesamt 1560 1416 1348 0975 0649 0433 0435 0589 0962 1226 ↑ Dale Dominey-Howes: Documentary and Geological Records of Tsunamis in the Aegean Sea Region of Greece and their Potential Value to Risk Assessment and Disaster Management. In: Natural Hazards. Band 25, Nr. 3, März 2002, ISSN 0921-030X, S. 195–224, doi:10.1023/A:1014808804611.  ↑ Einwohnerzahlen von Ia 1920–2001, Griechisches Statistisches Amt ELSTAT, Digitale Bibliothek (griechisch) ↑ Referenzfehler: Ungültiges <ref>-Tag; kein Text angegeben für Einzelnachweis mit dem Namen VZ2011.