Spätestens seit Thutmosis III. im 15. Jahrhundert v. Chr., von dem die frühesten ausgegrabenen Ruinen stammen, galt den Ägyptern der Jebel Barkal als südliches Gegenstück zur Tempelanlage in Karnak und als Wohnort des Gottes Amun. Bis zur 20. Dynastie war der Jebel Barkal das wichtigste religiöse Zentrum der Ägypter in Nubien. Während dieser Dynastie zogen sich die Ägypter allmählich aus Nubien zurück, der Jebel Barkal blieb ein politisch ungesichertes Gebiet, und der Amun-Kult verschwand für eine Übergangszeit. Nach 1000 v. Chr. herrschten lokale nubische Fürsten. Mit der Entstehung des kuschitischen Reiches, dessen erste Hauptstadt im 8. Jahrhundert v. Chr. Napata mit dem Jebel Barkal als Zentrum war, wurde der Amun-Kult wiederbelebt. Unter Kaschta (regierte um 760–747) begann die Erneuerung und Erweiterung der ägyptischen Tempel. Sein Sohn und Nachfolger Pije (regierte um 747–716) ließ den großen Amuntempel vom Jebel Barkal renovieren und erweitern. Vor der senkrechten Felswand am Südende des Berges befindet sich eine etwa 70 Meter hohe freistehende Felsnadel. Früher wurde angenommen, es handle sich um eine stark verwitterte Kolossalstatue. Neuere Untersuchungen konnten das widerlegen, doch scheint diese Spitze schon in der Antike von Bedeutung gewesen zu sein. Der Felsen lässt sich als Uräusschlange deuten, dem Symbol ägyptischer Könige. Taharqa (um 690–664 v. Chr.) und Nastasen, der in der zweiten Hälfte des 4. Jahrhunderts v. Chr. regierte, haben hier ihre Namen anbringen lassen.