Der Tuffhügel, auf dem das heutige Civita di Bagnoregio liegt, war gemäß archäologischen Grabfunden aus dem 7. bis 5. vorchristlichen Jahrhundert bereits durch die Etrusker besiedelt. Allerdings ist die historische Identität dieses Vorläufers umstritten. Die Ansicht einiger Autoren um 1500, es handelte sich um das von Plinius dem Älteren erwähnte Novempagi (Stadt der neun Dörfer), konnte nicht belegt werden. Der Forscher M. Lopes Pegna stellte in seinem Buch „Probleme der etruskischen Geschichte und Topographie“ die These auf, das heutige Civita di Bagnoregio könnte identisch sein mit dem geheimnisvollen etruskischen Kultort Fanum Voltumnae, an dem sich jährlich die Priesterkönige des Bundes der zwölf Städte der Lukumonen trafen, um in seinem Tempel gemeinsam das von den Göttern bestimmte, geweissagte Schicksal zu beraten. Bekanntermaßen ließ der römische Konsul Marcus Fulvius Flaccus das Heiligtum 264 v. Chr. zerstören, um damit das unwiderrufliche Ende etruskischer Unabhängigkeit einzuleiten.

Mit dem Untergang des Römischen Reichs und der langobardischen Invasion endet die Geschichte der antiken Vorläufersiedlung. Die mittelalterliche Civita, die seit der Pippinschen Schenkung wie ganz Latium zum Kirchenstaat gehörte, war als Bischofssitz das älteste und wichtigste von drei Vierteln (contrade) der nunmehr unter dem Namen Bagnoregio wiederaufgebauten Stadt und insoweit an ihre Geschichte gebunden. Wechselnde Feudalherrschaften lagen im Widerstreit mit dem Streben nach kommunaler Unabhängigkeit. Im Unterschied zu den beiden anderen Contraden leistete die Civita starken Widerstand bei der Eroberung durch Karl VIII. 1494, wurde aber nach zweitägiger Belagerung unterworfen.

1695 wurden Bagnoregio und die Civita durch ein Erdbeben erschüttert. Der Bischof von Bagnoregio verlegte daraufhin seine Residenz von dem Städtchen auf dem Tuffhügel in den Kernort in der Ebene.

Seit 1870 gehört Civita di Bagnoregio wie der gesamte Kirchenstaat zum italienischen Staat.